Уютный трикотаж: интернет магазин белорусского трикотажа

Гарбер алексей 2019: Сын миллиардера сделал предложение бывшей девушке Тимати Миле Волчек

Гарбер алексей 2019: Сын миллиардера сделал предложение бывшей девушке Тимати Миле Волчек

Содержание

Бывшая невеста Тимати впервые стала мамой

Тимати и Мила Волчек

В 2018 году стало известно, что Мила Волчек встречается с одним из самых завидных женихов Москвы — миллиардером Алексеем Гарбером. Отношения влюбленных развивались стремительно, и уже 7 апреля девушка сообщила о беременности. 28 августа пара устроила секретную свадьбу, на которую были приглашены только самые близкие друзья и родственники.

Теперь же выяснилось, что 34-летняя Мила родила Алексею дочь. Об этом проговорился друг новоиспеченного отца Александр Соркин. Поздравляя Гарбера с днем рождения, он упомянул и о долгожданном прибавлении в семье.

«Бывают дни очень насыщенные с демографической точки зрения. 15 сентября — один из таких. Вот и наш районный Ален Делон — Леша Гарбер тоже в этот день родился. С днюхой, брат! И с доченькой», — сообщил Соркин.
Влюбленные начали встречаться в 2018 году

Сами супруги радостное событие не афишировали и не комментировали. Начав встречаться с Алексеем, Мила заметно сократила активность в социальных сетях.

В первые месяцы романа Волчек еще публиковала новости о личном, но потом закрыла все аккаунты, и сейчас не рассказывает о семейных переменах.

Напомним, Волчек прославилась восемь лет назад, когда начала встречаться с рэпером Тимати. Их отношения продолжались несколько месяцев, и все это время поклонники обсуждали скорую свадьбу. Однако влюбленные часто конфликтовали, и в итоге решили расстаться, так и официально и не зарегистрировав отношения.

не пропуститеДавай, до свидания, или Многочисленные романы Тимати

После тяжелого разрыва с артистом Мила сосредоточилась на работе. Рассказывала преимущественно о новых проектах, а не о романах, поэтому о том, где и когда познакомилась с Алексеем Гарбером, так доподлинно и неизвестно. Сын миллиардера и бывшего члена Совета директоров ОАО «Роснефть-Сахалинморнефтегаза» Марка Гарбера всегда был заядлым тусовщиком и ловеласом. Сейчас Алексей занимается бизнесом, развивая сразу несколько успешных проектов.

Поклонники надеются, что скоро Волчек и Гарбер расскажут о радостном событии и раскроют имя новорожденной дочери. Пока любые подробности о появлении малышки на свет держатся в строжайшей тайне, но очевидно, что Мила все-таки смогла обрести личное счастье после болезненного расставания с Тимати.

Фото: Legion-Media, социальные сети

Алексей Гарбер: краткая биография, личная жизнь

Сказку о Золушке в детстве читали все. Однако только для некоторых девушек, особенно из несостоятельных семей, сюжет этой истории в дальнейшем становится заветной мечтой. И многие из них мечтают, повзрослев, встретить богатого молодого человека (принца), выйти за него замуж и жить счастливо, а главное — в достатке. Одним из таких завидных женихов в России сегодня является сын нефтяного магната Алексей Гарбер. Несмотря на то что он то и дело появляется в светской хронике с какой-нибудь новой пассией, многие столичные и провинциальные красавицы не теряют надежды когда-нибудь оказаться в роли невесты этого 31-летнего ловеласа.

Алексей Гарбер: биография и происхождение

Об Алеше Гарбере, о тусовках, на которых он выступает главным лицом, сегодня говорит вся Москва. Однако о его детстве и юности информации почти нет. Конечно, его принадлежность к семье Гарбер уже свидетельствует в его пользу. Родился Алексей в 1983 году в Москве. Его отец, Марк Гарбер (1958 года рождения) – сегодня известный предприниматель, долларовый миллиардер, банкир, старший партнер Fleming Family & Partners, писатель и меценат, в те далекие советские годы работал психиатром-наркологом в одной из наркологических больниц Москвы. А мама Алеши, Ирина, была студенткой-пятикурсницей. Детство Алеши и его младшего брата прошло в обычной для всех советских детей обстановке: детский садик, школа, летом — лагерь и т.д. В конце восьмидесятых Марк Рафаилович вместе с Леонидом Лебедевым и тремя Александрами — Жуковым, Кутиковым и Беккером — создали “кооператив”, который назвали “Синтезом”. С этого момента жизнь всех этих новоиспеченных бизнесменов пошла по другому руслу, и они стали подниматься по социальной лестнице. Сразу же изменился образ жизни их семей, в частности мальчиков семьи Гарбер: английская спецшкола, высшее образование за рубежом и т. д. Отец считал, что самое большое богатство, которое он способен дать своим сыновьям – это качественное образование. Сегодня Алексей Гарбер, который пока сумел только отличиться как ловелас и заядлый тусовщик, тем не менее считается очень эрудированным и интеллектуально развитым молодым человеком. Однако в желтой прессе его чаще всего представляют как недалекого и “помешанного” на светских мероприятиях светского льва, который не стесняется пользоваться именем своего отца.

Чем занимается Алеша Гарбер

Свои студенческие годы этот молодой человек провел за границей. Вернувшись в Россию, он стал работать в корпорации «Роснефть». Затем стал старшим вице-президентом GHP Group – компании, принадлежащей его отцу. В феврале нынешнего года Алексей Гарбер вместе с красавицей-грузинкой Юлией Русадзе основал устричную Oyster bar, которая в скором времени превратилась в одно из самых модных мест Москвы. В день открытия этого ультрасовременного заведения, расположенного в ЦПКиО им. Горького, съехались именитые гости со всех концов света. Среди них — его бывшие и нынешние пассии, друзья и партнеры по бизнесу. Однако Алексей Гарбер сегодня известен в обществе, скорее, как любитель тусовок, а не как бизнесмен и ресторатор. Он старается не пропускать ни одного светского мероприятия, будь то в Альпах, на побережьях Бразилии, во Французской Ривьере или даже в Африке. В Москве его излюбленными местами являются модные клубы “Дягилев” или “На крыше”.

Алексей Гарбер. Личная жизнь и интересные факты

В 2007 году в списке самых завидных женихов столицы появилось имя сына нефтяного магната и крупнейшего в России предпринимателя Марка Гарбера. Злые языки шептались, что, помимо миллиардов своего отца, Алексей не обладает никакими достоинствами. Однако столичные невесты не разделяли этого мнения. Во-первых, юноша, обладая более чем симпатичной внешностью и прекрасными манерами, пользуется большой любовью женского пола. Девушки просто мечтают находиться в его обществе. К тому же он отличается большой щедростью и является дамским угодником. Какое-то время его подругой считалась дочь одного из партнеров его отца, Леонида Лебедева, Яна. Затем рядом с ним то и дело появлялись различные симпатичные длинноногие красотки, в основном модели. Одна из них даже вовлекла его в скандал. Алексей едва избежал судебного разбирательства по делу изнасилования. Однако за неимением веских доказательств “пострадавшая” добровольно забрала свое заявление.

Лиза Грендене – новая девушка Алексея Гарбера

Эта яркая шатенка родом из Бразилии. Ею Алексей Гарбер (фото с Лиз тому подтверждение), кажется, увлекся всерьез. Она является владелицей модного бразильского бренда. Девушка живет на две страны – Бразилию и Великобританию, ну а в последнее время иногда заезжает в Россию. Алексей же, в свою очередь, через выходные едет к ней либо в Лондон, либо в Рио-де-Жанейро. Молодые люди общаются, естественно, на английском, однако Лиз стала усердно заниматься изучением русского языка и даже называет своего возлюбленного “Алешей”. Кстати, красавица-бразилианка в прошлом году приехала на празднование дня рождения своего возлюбленного и сделала ему очень дорогой подарок – эксклюзивную модель часов “Роллекс”.

Заключение

Несмотря на то что Алексей Гарбер сегодня почти помолвлен с Лизой Грендене, тем не менее он продолжает считаться одним из самых богатых холостяков России. А это значит, что у русских красавиц все еще остается шанс завоевать сердце молодого бизнесмена.

Бывшая девушка рэпера Тимати вышла замуж за миллиардера Алексея Гарбера

Источник иллюстрации / фото: DepositphotosПока популярный российский рэпер, продюсер и бизнесмен постепенно ведет судебные тяжбы с выходом артистов из лейбла Black Star, его бывшая девушка Мила Волчек занята построением семьи. Некогда будучи уже в шаге от брака с главой Black Star, Мила в итоге стала женой сына одного из российских олигархов, о чем стало известно в августе 2019 года. При этом, обо всех подробностях личной жизни Мила Волчек, довольно открыто и без лишней скромности, рассказывает в соцсетях. Многие видят в этом попытки задеть бывшего парня и жениха — Тимати.Сам рэпер Тимати в данный момент жизни встречается с 1-й вице-мисс Россия 2014 года, а также действующей профессиональной моделью Анастасией Решетовой.

Пара вместе уже более четырех лет, а также, по некоторым данным — ждет ребенка. В связи с этим, сам Тимати абсолютно никак не реагирует на новости про помолвку, брак и беременность его бывшей возлюбленной Милы Волчек. Тем более, с учетом вышеупомянутых судов с бывшими артистами своего лейбла и огромной бизнес-империей Black Star, Тимати и вовсе мог не узнать до сих пор о приятных для Милы событиях, утверждают приближенные к российскому рэперу люди.[img]http://wordyou.ru/data:image/svg xml,Впрочем, отсутствие какой-либо реакции от Тимура Юнусова, не мешает Миле Волчек довольно открыто хвастаться в Сети состоянием своего новоприобретенного спутника жизни. Бывшая модель не единожды упоминала, что взявший ее в жены в августе 2019 года Алексей Гарбер — сын олигарха и директора «Роснефти» Марка Гарбера. В свои 36 Алексей уже имеет ориентировочное состояние более 1 млрд. долларов США, благодаря доле в бизнесе отца.О своей помолвке пара аккуратно намекала еще в апреле 2019 года, и тогда же поползли слухи о беременности бывшей девушки Тимати.
В августе же официально подтвердились как намерения пожениться (Алексей и Мила сыграли свадьбу вне объективов телекамер), так и намерение завести ребенка. Судя по последним фотографиям Гарбера и Волчек, жена молодого олигарха явно находится не на первом месяце беременности, так как у нее уже выступает заметный округлый живот.

Предыдущая статьяЮжнокорейская группа BTS официально уходит на перерыв в 2019 годуСледующая статьяВАРБУРГИ — САМЫЙ ВЛИЯТЕЛЬНЫЙ БАНКОВСКИЙ КЛАН МИРА

Александр Гарбер — Forbes Казахстан

50 самых влиятельных бизнесменов Казахстана (октябрь 2021)

59 лет | FMCG

Александр Гарбер – основатель крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry, продавший свою долю в начале прошлого года (сделка завершена в марте 2021-го) и мажоритарный владелец ТОО «Прима Дистрибьюшн», работающего в Казахстане и Кыргызстане.

Ему также принадлежит TOO «Прима Кус» и доли в казахстанско-индийской компании по производству чая ТОО «Tea House», складском TOO «Best Start», а также TOO «REA», управляющем собственной недвижимостью.

Депутат маслихата Алматы, соучредитель Союза торговых сетей РК.

50 богатейших бизнесменов Казахстана (май 2021)

$156 000 000
FMCG / 58 лет

Александр Гарбер – основатель крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry, продавший свою долю в начале прошлого года (сделка завершена в марте 2021-го).

Бизнесмен – мажоритарный владелец ТОО «Прима Дистрибьюшн», работающего в Казахстане и Кыргызстане. Ему также принадлежит TOO «Прима Кус» и доли в казахстанско-индийской компании по производству чая ТОО «Tea House», складском TOO «Best Start», а также TOO «REA», управляющем собственной недвижимостью.

50 богатейших бизнесменов Казахстана (октябрь 2020)

$181 000 000
Ретейл / 58 лет

Александр Гарбер – основатель крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry. В начале года бизнесмен вышел из состава акционеров ТОО «Magnum Cash&Carry» (на сегодня единственным участником является ТОО «Дочерняя компания Caspian Trading Investment Co. Ltd»).

Контролирующий владелец дистрибьюторского ТОО «Прима Дистрибьюшн», работающего в Казахстане и Кыргызстане. Ему также принадлежит доля в ТОО «Tea House» – казахстанско-индийской компании по производству чая.

50 самых влиятельных бизнесменов Казахстана (октябрь 2019)

57 лет
Ретейл

Основатель, совладелец и глава наблюдательного совета крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry.

Также владеет долями в ТОО «Прима Дистрибьюшн», профилем которого является организация и развитие дистрибуции на территории Казахстана и Кыргызстана, в ТОО «Tea House» – казахстанско-индийской совместной компании, производящей чай на территории нашей страны.

Кроме того, является совладельцем ТОО «Magnum Agro», ТОО «Прима Бренд», ТОО «Прима-мороженое», ТОО «Прима Аутлет Групп» и ТОО «Martin Cotton».

Депутат маслихата Алматы, соучредитель Союза торговых сетей РК.

50 богатейших бизнесменов Казахстана (май 2019)

$188 000 000
Ретейл / 56

Основатель, совладелец (вместе с Вячеславом Кимом, №15 рейтинга) и председатель наблюдательного совета крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry. Также владеет долями в ТОО «Прима Дистрибьюшн», занимающемся организацией и развитием дистрибуции на территории Казахстана и Киргизии, в ТОО «Tea House» – казахстанско-индийской совместной компании, производящей чай на территории Казахстана. Кроме того, является совладельцем ТОО «Magnum Agro», ТОО «Прима Бренд», ТОО «Прима-мороженое», ТОО «Прима Аутлет Групп», ТОО «Martin Cotton» и ТОО «Magnum Real Estate Astana».

В январе 2019 года Magnum Cash&Carry приобрела сеть магазинов «Реалист» и права на все ее локации.

Депутат маслихата Алматы, глава Союза ретейлеров Казахстана.

50 самых влиятельных бизнесменов (октябрь 2018)

56 лет
Ретейл

Основатель, совладелец и генеральный директор крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry. Также бизнесмен владеет долями в ТОО «Прима Дистрибьюшн», занимающемся организацией и развитием дистрибуции на территории Казахстана и Киргизии, в ТОО «Tea House» – казахстанско-индийской совместной компании, производящей чай на территории Казахстана. Кроме того, является совладельцем ТОО «Magnum Agro», ТОО «Прима Бренд», ТОО «Прима-мороженое», ТОО «Прима Аутлет Групп» и ТОО «Martin Cotton».

Депутат маслихата Алматы, глава Союза ретейлеров Казахстана.

Рейтинг 50 богатейших бизнесменов Казахстана (май 2018)

$125 000 000
Ретейл / 55

Александр Гарбер – основатель, совладелец (вместе с №21 рейтинга Вячеславом Кимом) и генеральный директор крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry. Также владеет мажоритарной долей в «Прима Аутлет Групп», «Прима Бренд», TG TRADE, ZNL Group и Tea House.

Депутат маслихата Алматы, глава Союза ретейлеров Казахстана.

50 самых влиятельных бизнесменов (октябрь 2017)

55 лет
Ретейл

Александр Гарбер – создатель, совладелец и генеральный директор крупнейшей в РК торгово-розничной сети Magnum Cash&Carry. Также владеет долями в «Прима Аутлет Групп», «Прима Бренд», TG TRADE, ZNL Group и Tea House.

Депутат маслихата города Алматы, глава Союза ретейлеров Казахстана.

Рейтинг 50 богатейших бизнесменов Казахстана (май 2017)

$125 000 000
Дистрибуция, ретейл/ 54

Александр Гарбер – создатель и совладелец крупнейшей казахстанской торгово-розничной сети Magnum Cash & Carry, работающей в Алматы, Астане, Караганде и Шымкенте. В мае 2016 года компания вышла на KASE и получила лицензию на производство и оборот этилового спирта и алкогольной продукции. Однако уже в октябре ценные бумаги ТОО «Magnum Cash & Carry» были исключены из официального списка биржи по инициативе эмитента.

Владеет также основными долями в ТОО «Прима Дистрибьюшн», ТОО «Прима-Мороженое», ТОО «Прима Аутлет Групп», ТОО «Прима Бренд», TG Trade, Tea House.

Рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов (октябрь 2016)

54 года
Дистрибуция, ретейл

Александр Гарбер – создатель, один из акционеров и генеральный директор крупнейшей в Казахстане торгово-розничной сети Magnum Cash & Carry. Сеть состоит из 14 торговых комплексов в Астане, Алматы, Караганде и Шымкенте. Совокупная доля семьи Гарбер в компании – 61 %. Бизнесмен также владеет долями в компаниях: «Прима Аутлет Групп», «Прима Бренд», TG Trade, ZNL Group, Tea House и других.

Депутат маслихата Алматы.

Рейтинг 50 богатейших бизнесменов Казахстана (май 2016)

$75 000 000
Дистрибуция, ретейл

53 года

Александру Гарберу принадлежит крупная доля в сети Magnum Cash&Carry. Он владеет долей ТОО «Прима Дистрибьюшн», является соучредителем ТОО «Прима-Мороженое», ТОО «Прима Аутлет Групп», ТОО «Прима Бренд», ТОО «TG TRADE», ТОО «ZNL Group» и ТОО «Tea House». Он также единственный учредитель «Прима Корпорейшн», IMKAM-Build и «Жидели-7». Компания занимается фасовкой чая и выпуском продукции под марками «Ассам», «Симба», «Наурыз», «Индира», «Тенгри».

Рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов РК (октябрь 2015)

Дистрибуция | ретейл

Создатель, совладелец и первый руководитель ТОО «Magnum Cash&Carry», соучредитель ТОО «Прима Дистрибьюшн», ТОО «Прима-Мороженое» и ТОО «ZNL Group», ТОО «Tea House». Единственный участник ТОО «IMKAM-Build», ТОО «Прима Корпорейшн», ТОО «TG Trade», ТОО «Жидели-7».

ТОО «Tea House» (производитель чайной продукции с марками «Ассам», «Симба», «Наурыз», «Индира», «Тенгри») – участник госпрограммы «Лидеры конкурентоспособности – национальные чемпионы».

Рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов РК (октябрь 2014)

Весной 2014 года Кенес Ракишев приобрел неконтрольную долю в принадлежащей Александру Гарберу розничной сети Magnum Cash & Carry.

Вырученные от продажи доли средства планируется пустить на строительство новых магазинов и уменьшение обязательств. Magnum Сash & Сarry имеет семь торговых комплексов в Алматы и по одному в Астане и Караганде.

В конце 2013 года компания шестой год подряд стала победителем в номинации «Торгово-розничная сеть №1 в Казахстане» на ежегодной церемонии фестиваля «Выбор года». Александр Гарбер также является владельцем дистрибьюторской компании «Прима».

Рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов РК (октябрь 2013)

Дистрибуция, ретейл

В конце августа розничная сеть Magnum, принадлежащая Александру Гарберу через ТОО «Magnum Сash & Сarry», открыла новый торговый комплекс в Астане.

Теперь сеть включает в себя семь магазинов, представленных в крупнейших городах Казахстана. Согласно планам по расширению компании, ежегодно сеть Magnum планирует вводить два-три розничных магазина.

Александр Гарбер также является владельцем дистрибьюторской компании «Прима».

Рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов РК (октябрь 2012)

Возраст: 50 лет

Источник дохода: Дистрибуция, ретейл

Владелец дистрибьюторской компании «Прима» и хозяин ТОО «Magnum Сash&Сarry» (розничная сеть «Магнум») Александр Гарбер начинал свой трудовой путь с госслужбы, однако на заре независимости создал компанию по дистрибуции продуктов питания и бытовой химии. Выручка Magnum Cash&Carry в 2011 году составила $300 млн, и сеть является лидером отрасли (оборот которой составляет $25 млрд, по мнению Александра Гарбера) по оборачиваемости капитала. В прошлом году сеть «Магнум» была признана победителем конкурса «Выбор года» в номинации «Торгово-розничная сеть №1 в 2011 г. в Казахстане».

В планах Александра Гарбера – довести за пять лет количество магазинов сети до 15, достроив еще несколько магазинов в Алматы и охватив регионы.

* оценочные данные

После Тимати замуж за миллиардера?: misscaprizzz — LiveJournal

Тимур Юнусов слева, а кто справа — помните?

И не за старого и страшного, а за очень даже привлекательного и молодого!!!

Интрига?

Нет, друзья! Речь не о матери ребенка Тимати Оленушке Шишковой или ее почетной сменщице, матери ребенка Тимати №2, Насосье Решетовой 😆

Наверное вы уже и забыли, что в далеком 2007 году наш компактный рэпер начал встречаться с некой Милой Волчек:

Как вам Мила Волчек? Достойна миллиардера или не очень?

Ну кто его давние фанаты, те должны ее хорошо знать … так как искренне и от души верили, что между ними была та самая искренняя и чистая любовь.

Тимати в одной из соц.сетей даже сменил статус на «женат на Миле Волчек»: 

Правда свадьбы по слухам так и не было. То ли строгая Симона не позволила сыночке поджениться на девице со столь темным прошлым, то ли Тимурка уже тогда пиарил бывших нищих девок их провинции, давая им определенный статус и узнаваемость в СМИ … хз

Мила Волчек в плане происхождения абсолютно ничем не отличается ни от Решетовой, ни от Шиши. Та же нищебродка из провинции, а именно из г. Клинцы Брянской области — искательница красивой жизни за счет мужчин и их тугих кошельков (моя коллега в общем)

По слухам, ушлая девица уже в 15 лет (она родилась 25 апреля 1985 г.) во всю силу молотила юным пирожком, живя на содержании у местного 60-летнего криминального авторитета, который обеспечивал всю ее семью. Позднее нашла себе еще одного бандюка, но уже помоложе. А еще чуть позднее перебралась в столицу.

Далее инфа становится весьма интересной — по слухам до Тимати Милу юзал его родной дядя Фарид Юнусов!!! Его стараниями провинциальная простушка оттюнинговалась и приобрела товарный вид уже по столичным меркам. Что было сделано: совершенно точно грудь и зубы. Она этого, собсна, и не скрывала.

После дяди эстафету принял Тимати — именно тогда Мила проснулась знаменитой. Парочка без устали признавалась друг другу в большой и чистой
❤️♥️❤️♥️❤️♥️❤️♥️♥️♥️♥️♥️♥️♥️❤️♥️❤️♥️❤️♥️❤️

Мила записала песню под названием «Я люблю тебя, Тима!»

Тимати в долгу не остался, ответив ей песней «Я буду ждать!», в которой признал свои ошибки и рассказал, насколько сильно любит Милу (они вроде то сходились, то расходились). Кроме этого, он подтвердил свои чувства кольцом с 10-каратным бриллиантом и шикарным авто.

Далее Мила набивает татуировку на запястье с надписью «One love» и дату рождения Тимати:

Рэпер ей отвечает, набив на шее наколку с ее портретом:

Как по мне, нифига не похоже 😕

Я люблю Милу, это моя женщина, и я уверен, что она станет хорошей матерью для моих детей. Она та единственная, которую я искал всю жизнь!

Уж не знаю, любил ли рэпер Милу Волчек на самом деле, или это был пиар (я думаю, что он самый), тем не менее по итогу пара рассталась, так и не оформив отношения. Вместе они пробыли около 4-х лет.  

Интерес к девушке подогревался, пока она была в связке с Юнусовым. После разрыва с ним она ушла в тень, сократила появление в социальных сетях и удалила «Инстаграм», изредка размещая свежие фото ВК. По слухам, Волчек тогда уехала за границу учиться на дизайнера.

В 2018 году Мила вновь стала интересовать журналистов, и все благодаря роману с наследником миллиардера Марка Гарбера — Алексеем Гарбером:

Алексей Гарбер

Сначала пара начала появляться вместе, а вскоре стало известно, что Мила беременна от Гарбера. 28 августа 2019 года состоялась свадьба в ЗАГСе Барвиха Luxury, а уже 15 сентября в молодой семье произошло пополнение. Ребенок родился в тот же день, что и отец ☝

Мила, впервые вышедшая замуж и родившая в возрасте за 30, сосредоточилась на семье и материнстве. Говорят, ее муж из заядлого тусовщика и неисправимого ловеласа превратился в образцового семьянина, который ведет серьезный бизнес:

Мила с мужем Алексеем Гарбером

Сейчас Волчек не стремится афишировать личную жизнь и не ведет «Инстаграм». Бабла у нее и так завались, а больше ни для фига он не сдался.

Все бы ничего, если б она не заталкивала жениха в Загс пузом, друзья.

Вот если бы он женился на ней без столь явных щипцов, я бы пожалуй ее поздравила и даже позавидовала. Но пузо как аргумент вести бабу под венец лично меня всегда сильно смущает 😕 Интересно сколько продлится этот брак с учетом того, что Милка сама по себе голодранка, а Гарбер из интеллигентной супербогатой семьи. Хз что у них получится по итогу!

Хотя даже если разбегутся, алименты то свои она получать по-любому будет, и весьма нехилые 👍

А посему … значит, это … завидуем? 😉

Невеста Тимати бросила рэпера ради миллиардера

29 Августа 2019

Еще в апреле Мила Волчек и Алексей Гарбер объявили о своей помолвке, однако сегодня стало известно, что свадьба уже состоялась. Сейчас влюбленные наслаждаются не только новым статусом отношений, но и готовятся стать родителями. Бывшая невеста рэпера Тимати подтвердила слухи о беременности.

Пока рэпер Тимати наслаждается романом с Анастасией Решетовой и ждет скорое пополнение в семействе, его экс-избранница Мила Волчек тоже наладила личную жизнь.

Еще в прошлом году ее заметили в компании 36-летнего сына олигарха Алексея Гарбера. Пара не скрывала нежные чувства друг к другу, подогрев слухи о неминуемой свадьбе. Вскоре подозрения поклонников подтвердились — в апреле влюбленные объявили о помолвке.

Сегодня же в СМИ появилась информация, что Мила и Алексей недавно сдержали обещание и узаконили отношения. На это намекнул и новый снимок избранницы в микроблоге миллиардера, который он нежно подписал «Garbers inda house», что значит Гарберы в доме. Очевидно, сейчас новоиспеченная семья радуется новому статусу. Говорят, наследник внушительного состояния уже порадовал супругу новым роскошным украшением от Cartier.

Впрочем, для супругов свадьба не единственный повод чувствовать себя счастливыми. Бывшая спутница музыканта призналась, что ждет ребенка. Об этом стало известно после переписки Милы с поклонницей. Девушка спросила Волчек, не станет ли та в скором времени мамой. «Да, я в положении», — подтвердила она.

К слову, родственники Алексея положительно отнеслись к выбору его избранницы. Говорят, что отец мужчины Марк Гарбер сам одобрительно отозвался о Миле. Ранее Волчек побывала на семейном празднике влиятельного семейства и произвела хорошее впечатление.

Еще в апреле Мила Волчек и Алексей Гарбер объявили о своей помолвке, однако сегодня стало известно, что свадьба уже состоялась. Сейчас влюбленные наслаждаются не только новым статусом отношений, но и готовятся стать родителями. Экс-избранница рэпера подтвердила слухи о беременности.

Сергушичев Алексей Александрович Директор научно-образовательного Центра геномного разнообразия Доцент факультета информационных технологий и программированияСотрудник международной лаборатории «Компьютерные технологии» Сотрудник международной лаборатории «Биоинформатика» Персоналия университета ИТМО

Публикации

Korotkevich G.
, Sukhov V., Sergushichev A.

Fast gene set enrichment analysis with multi-level Monte-Carlo approach, 2021

Gainullina A., Shalyto A.A., Sergushichev A.A.

Method for Joint Clustering in Graph and Correlation Spaces//Automatic Control and Computer Sciences, 2021, Vol. 55, No. 7, pp. 647-657 Подробнее

Santeford A.
, Lee A.Y., Sene A., Hassman L., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Artyomov M.N., Ruzycki P.A., Apte R.S.

Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages//eLife, 2021, Vol. 10, pp. e66703 Подробнее

Merlin J., Ivanov S., Dumont A., Sergushichev A.A., Gall J., Stunault M.I., Ayrault M., Vaillant N., Castiglione A., Swain A., Orange F., Gallerand A., Berton T., Martin J., Carobbio S., Masson J., Gaisler-Salomon I., Maechler P.
, Rayport S., Sluimer J., Biessen E., Guinamard R.R., Gautier E., Thorp E.B., Artyomov M.N., Yvan-Charvet L.

Non-canonical glutamine transamination sustains efferocytosis by coupling redox buffering to oxidative phosphorylation//Nature Metabolism, 2021, Vol. 3, No. 10, pp. 1313-1326 Подробнее

Gainullina A., Sergushichev A.A.

Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response//JVS: Vascular Science, 2020, pp. 1-15 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах // Моделирование и анализ информационных систем -2020. — Т. 27. — № 2. — С. 180-193 Подробнее

Ignatieva E.
V., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Khromova N.V., Polev D.E., Kostareva A.A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R.

Lmna mutations g232e and r482l cause dysregulation of skeletal muscle differentiation, bioenergetics, and metabolic gene expression profile//Genes, 2020, Vol. 11, No. 9, pp. 1057 Подробнее

Zlotina A., Melnik O., Fomicheva Y., Skitchenko R.K., Sergushichev A., Shagimardanova E., Gusev O., Gazizova G., Loevets T., Vershinina T., Kozyrev I., Gordeev M., Vasichkina E., Pervunina T., Kostareva A.A.

A 300-kb microduplication of 7q36. 3 in a patient with triphalangeal thumb-polysyndactyly syndrome combined with congenital heart disease and optic disc coloboma: a case report//BMC Medical Genomics, 2020, Vol. 13, No. 1, pp. 175 Подробнее

Aguilar S., Aguilar O., Allan R., Amir E., Angeli V., Artyomov M.N., Asinovski N., Astarita J., Austen K., Bajpai G., Barrett N., Baysoy A., Benoist C., Bellemare-Pelletier A., Berg B., Best A., Bezman N., Blair D., Blander J., Bogunovic M., Brennan P., Brenner M., Brown B., Buechler M., Buenrostro J., Casanova M., Choi K., Chow A., Chudnovskiy A., Cipoletta D., Cohen N., Collins J., Colonna M., Cook A., Costello J., Cremasco V., Crowl T.
, Crozat K., Cruse R., D’Angelo J., Dalod M., Davis S., Demiralp C., Deng T., Desai J., Desland F., Dhainaut M., Ding J., Doedens A., Dominguez C., Doran G., Dress R., Dustin M., Dwyer D., Dzhagalov I., Elpek K., Ergun A., Ericson J., Esomonu E., Fairfax K., Fletcher A., Frascoli M., Fuchs A., Gainullina A., Gal-Oz S., Gallagher M., Gautier E., Gazit R., Gibbings S., Giraud M., Ginhoux F., Goldrath A., Gotthardt D., Gray D., Greter M., Grieshaber-Bouyer R., Guilliams M., Haidermota S., Hardy R., Hashimoto D., Helft J., Hendricks D., Heng T., Hill J., Hyatt G., Idoyaga J., Jakubzick C., Jarjoura J., Jepson D., Jia B., Jianu R., Johanson T., Jordan S., Jojic V., Kamimura Y., Kana V., Kang J., Kapoor V., Kenigsberg E., Kent A., Kim C., Kim E., Kim F., Kim J., Kim K., Kiner E., Knell J., Koller D., Krchma K., Kozinn L., Kreslavsky T., Kronenberg M., Kwan W., Laidlaw D., Lam V., Lanier L., Laplace C., Lareau C., Lavin Y., Lavine K., Leader A., Leboeuf M., Lee J., Lee J., Li B., Li H., Li Y., Lionakis M. , Luche H., Lynch L., Magen A., Maier B., Malhotra D., Malhotra N., Malissen M., Maslova A., Mathis D., Mcfarland A., Merad M., Meunier E., Miller J., Milner J., Mingueneau M., Min-Oo G., Monach P., Moodley D., Mortha A., Morvan M., Mostafavi S., Muller S., Muus C., Nabekura T., Nageswara Rao T., Narang V., Narayan K., Ner-Gaon H., Nguyen Q., Nigrovic P., Novakovsky G., Nutt S., Omilusik K., Ortiz-Lopez A., Paidassi H., Paik H., Painter M., Paynich M., Peng V., Potempa M., Pradhan R., Price J., Qi Y., Qi Y., Quon S., Ramirez R., Ramanan D., Randolph G., Regev A., Rhoads A., Robinette M., Rose S., Rossi D., Rothamel K., Sachidanandam R., Sathe P., Scott C., Seddu K., See P., Sergushichev A., Shaw L., Shay T., Shemesh A., Shinton S., Shyer J., Sieweke M., Smillie C., Spel L., Spidale N., Stifano G., Subramanian A., Sun J., Sylvia K., Tellier J., This S., Tomasello E., Todorov H., Turley S., Vijaykumar B., Wagers A., Wakamatsu E., Wang C., Wang P., Wroblewska A., Wu J., Yang E., Yang L., Yim A. , Yng L., Yoshida H., Yu B., Zhou Y., Zhu Y., Ziemkiewicz C.

ImmGen at 15//Nature Immunology, 2020, Vol. 21, No. 7, pp. 700-703 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Сухов В.Д., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Применение метода независимых компонент для определения начального приближения при поиске активных модулей в биологических графах [Independent component analysis for initial approximation determination in identification of active modules in biological graphs] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. — Т. 20. — № 6(130). — С. 888-892 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е.В., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Борцова М.А., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Анализ транскриптома скелетной мускулатуры выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с хронической сердечной недостаточнстью // Российский кардиологический журнал [Russian Journal of Cardiology] -2020. — Т. 25. — № 10. — С. 79-86 Подробнее

Korotkevich G.
, Sukhov V.D., Shpak B., Sergushichev A.

FGSEA: fast gene set enrichment analysis//CSHL Meeting on Biological Data Science 2020, Virtual, 2020, pp. 156

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A., Loginicheva E., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N.

Electrophilic properties of itaconate regulating macrophage activation//Journal of Immunology, 2020, Vol. 204, No. 1(Suppl.), pp. 152.17 Подробнее

Gainullina A., Shalyto A.A., Sergushichev A.A.

Method of the Joint Clustering in Network and Correlation Spaces//Automatic Control and Computer Sciences, 2020, Vol. 54, No. 8, pp. ??????

Лобода А.
А., Сергушичев А.А.

Вывод генных регуляторных сетей по данным экспрессии генов при помощи байесовских сетей [Inferring of regulatory networks from expression data using bayesian networks] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. — Т. 20. — № 6(130). — С. 835-840 Подробнее

Perepelina K.I., Kostina A.S., Klauzen P., Khudiakov A., Rabino M., Crasto S., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Sergushichev A.
A., Oganesian M., Dmitriev A., Kostareva A.A., Di Pasquale E., Malashicheva A.B.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi007-A and FAMRCi007-B) from patient with Emery–Dreifuss muscular dystrophy and heart rhythm abnormalities carrying genetic variant LMNA p.Arg249Gln//Stem Cell Research, 2020, Vol. 47, pp. 101895 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A.

Markov chain Monte Carlo for active module identification problem//BMC Bioinformatics, 2020, Vol. 21, No. 6, pp. 261 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Артемов М., Сергушичев А.А.

Модификация метода совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах [Method of joint clustering in network and correlation spaces] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. — Т. 20. — № 6(130). — С. 807-814 Подробнее

Vershinina T.
, Fomicheva Y., Muravyev A., Jorholt J., Kozyreva A., Kiselev A.M., Gordeev M., Vasichkina E., Sergushichev A., Pervunina T.М., Sjoberg G., Skyttner-Rahmani S., Sejersen T., Kostareva A.A.

Genetic Spectrum of Left Ventricular Non-Compaction in Paediatric Patients//Cardiology, 2020, Vol. 145, No. 11, pp. 746-755 Подробнее

Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp. Arg527Pro.//Stem Cell Research, 2020, Vol. 43, pp. 101714 Подробнее

Loboda A., Artomov M., Daly M., Sergushichev A.

Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston., 2019, pp. 1207

Sukhov V.
D., Korotkevich G.V., Sergushichev A.A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//не указано, 2019, Vol. не указан, No. не указан, pp. не указаны

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A.

Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome//European Journal of Human Genetics, 2019, Vol. 27, No. Suppl.1, pp. 1008-1009

Sukhov V.D., Korotkevich G., Sergushichev A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//MCCMB 2019: Proceedings, 2019

Kiselev A.
, Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy//Frontiers in Genetics, 2019, Vol. 10, pp. 608 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.
А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации // Гены и клетки [Genes and Cells] -2019. — Т. 14. — № Приложение. — С. 101

Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I.

Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations//International Journal of Molecular Sciences, 2019, Vol. 20, No. 21, pp. 5514 Подробнее

Pavlova O., Korneev G., Sergushichev A., Filchenkov A.

Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook., 2019

Dmitrieva R.
I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A.

Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations//Stem Cells International, 2019, pp. 5690345 Подробнее

Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J.
, Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B.

LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells//Cell Research, 2019, Vol. 29, No. 5, pp. 406-419 Подробнее

Трезубов К.А., Сергушичев А.А.

Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г. ). Электронное издание -2019. — С. — Подробнее

Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A.

Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients//Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle, 2019, Vol. 10, No. 6, pp. 1431 Подробнее

Иванова О.
А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации//Гены и Клетки — 2019. — Т. XIV. — Вып. Приложение. — С. 101

Дмитриева Р.И., Иванова О.А., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Сергушичев А.А.

Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН//Материалы IX Всероссийской с международным участием конференции с элементами научной школы по физиологии мышц и мышечной деятельности, посвященной памяти Е. Е. Никольского — 2019. — С. 109-110

Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A.

Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program//European Journal of Heart Failure, 2019, Vol. 21, No. S1, pp. 578-579 Подробнее

Сухов В.
Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Сборник материалов конференции СПИСОК-2019 — 2019

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. — Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710 — 2019

Короткевич Г.
В., Сергушичев А.А., Сухов В.Д.

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. — 2019 [Электронный ресурс]. — Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб. — 2019

Korotkevich G., Sukhov V.D., Sergushichev A.

Fast gene set enrichment analysis//bioRxiv, 2019, pp. 1-29 Подробнее

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10. 1038/s41564-018-0245-0)//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 11, pp. 1327 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J.E., Korotkevich G., Sergushichev A.

The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem//BioRxiv, 2018, pp. 1-20 Подробнее

Zlotina A.
, Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A.

Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation//Frontiers in Genetics, 2018, Vol. 9, pp. 209 Подробнее

Лобода А.А., Сергушичев А.А.

Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов//Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. — 2018

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy//Human Mutation, 2018, Vol. 39, No. 9, pp. 1161-1172 Подробнее

Freylikhman O.
, Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A.

Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia//Genome announcements, 2018, Vol. 6, No. 3, pp. e01464-17 Подробнее

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.
B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 10, pp. 1099-1108 Подробнее

Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A.

New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S19 Подробнее

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N.

Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis//Nature, 2018, Vol. 556, No. 7702, pp. 501-504 Подробнее

Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A.

Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S83 Подробнее

Khudiakov A.
, Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 77-80 Подробнее

Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.
M., Colonna M.

TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer’s Disease//Cell, 2017, Vol. 170, No. 4, pp. 649-663.e13 Подробнее

Аксенов В.Е., Sergushichev A., Vyahhi N.

Science in a Competitive Format, 2017

Isomurodov J.
E., Loboda A.A., Sergushichev A.A.

Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2017, Vol. 10252, pp. 75-84 Подробнее

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B.

Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 85-88 Подробнее

Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W.

Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis//Cell Host and Microbe, 2016, Vol. 19, No. 1, pp. 102-113 Подробнее

Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M.

End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data//Genome Research, 2016, Vol. 26, No. 10, pp. 1397-1410 Подробнее

Artyomov M.
N., Sergushichev A., Schilling J.

Integrating immunometabolism and macrophage diversity//Seminars in Immunology, 2016, Vol. 28, No. 5, pp. 417-424 Подробнее

Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G.

The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism//Cell Reports, 2016, Vol. 16, No. 7, pp. 1915-1928 Подробнее

Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A.

Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2016, Vol. 9838, pp. 210-221 Подробнее

Lampropoulou V.
, Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N.

Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation//Cell Metabolism, 2016, Vol. 24, No. 1, pp. 158–166 Подробнее

Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.
J., Artyomov M.N.

GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis//Nucleic Acids Research, 2016, Vol. 44, No. 1, pp. W194-W200 Подробнее

Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G.

Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth//Molecular Cell, 2015, Vol. 60, No. 2, pp. 195-207 Подробнее

Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S.

Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group//Clinica Chimica Acta, 2015, Vol. 446, pp. 132-140 Подробнее

Jha A.
K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N.

Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization//Immunity, 2015, Vol. 42, No. 3, pp. 419-430 Подробнее

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением // Известия Российской академии наук. Теория и системы управления -2013. — № 3. — С. 85-100 Подробнее

Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I.
, Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F.

Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species//GigaScience, 2013, Vol. 2, No. 1, pp. 10 Подробнее

Aleksandrov A.
V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A.

The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior//Journal of Computer and Systems Sciences International, 2013, Vol. 52, No. 3, pp. 410-425 Подробнее

Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика -2013. — Т. 13. — № 2-2. — С. 51–57 Подробнее

Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Сборка генома и технология MapReduce // Суперкомпьютеры -2013. — № 4 (12). — С. 40-43

Александров А.
В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2012. — № 6(82). — С. 93-98

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. — № 2(72). — С. 3-11

Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N.

Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions//Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO’11 — Companion Publication, 2011, pp. 775-778 Подробнее

Александров А.
В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions//Proceedings of the 2011 GECCO conference companion on Genetic and Evolutionary Computation, 2011, pp. 775-778

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. — № 5(75). — С. 81-84

Алексей Гарбер


Исследования

Занимаюсь различными задачами дискретной и комбинаторной геометрии. В настоящее время мои научные интересы включают теорию параллелоэдров (в частности, гипотезу Вороного о параллелоэдрах), геометрические свойства квазикристаллов (виляние и билипшицевую эквивалентность решетке) и равнораспределения мер.

Список публикаций и препринтов в обратном хронологическом порядке
  1. Д.Frettl&oumlh, A. Garber, Билипшицевая эквивалентность и вобулирующая эквивалентность множеств Делоне , препринт.
  2. Д. Фреттлу, А. Гарбер, Симметрии монокорональных мозаик , препинт, arXiv:1402.4658, 2014.
  3. А. Гарбер, О π-поверхностях четырехмерных параллелоэдров , препинт, arXiv:1309.7661, 2013.
  4. А. Балицкий, А.Гарбер, Р. Карасев, Еще один бутерброд с ветчиной в самолете , препринт, arXiv:1307.7698, 2013.
  5. А. Гарбер, А. Гаврилюк, А. Магазинов, Гипотеза Вороного для параллелоэдров с односвязной δ-поверхностью , препринт, arXiv:1212.1019, 2012.
  6. А. Гарбер, Диаметр пояса Π-зонотопов , Европейский журнал комбинаторики, 34 : 5 (2013), 923—933. DOI: 10.1016/j.ejc.2013.01.005.
  7. А.И. Garber, Поясное расстояние между гранями заполняющих пространство зонотопов , Mathematical Notes, 92 : 3–4 (2012), 345–355. DOI: 10.1134/S00014346120.
  8. А. Гарбер, Вторая гипотеза Вороного о параллелоэдрах для зонотопов , Московский журнал комбинаторики и теории чисел, 1 :2 (2011), 113—119. Статья на сайте MJCNT.
  9. А.И. Гарбер, О классах эквивалентности разделенных сетей (на русском языке), Моделирование и анализ информационных систем, 16 :2 (2009), 109—118. Статья на сайте MathNet.
  10. А.И. Гарбер, Графики линейных операторов , Труды МИАН, 263 (2008), 57—64. DOI: 10.1134/S0081543808040056.
  11. А.И. Гарбер, Сложные последовательности из-за В.И. Арнольд (на русском языке), Материалы 9-го Международного семинара «Дискретная математика и ее приложения», посвященного 75-летию со дня рождения академика О.Б. Лупанов, 2007, 374—376.
  12. А.И. Garber, График разностного оператора для p-ичных последовательностей , Функциональный анализ и другая математика, 1 :2 (2006), 159–173. DOI: 10.1007/s11853-007-0011-y.
  13. А.И. Гарбер, А.П. Поярков, О перестановках , Вестник МГУ, сер.1, вып. 2 (2006), 3–8.
  14. А.И. Гарбер, А.А. Глазырин, Жесткость некоторых классов кубильяжей , Материалы второго семинара СЕ по сферическим упаковкам, 30 мая — 5 июня 2005 г., стр. 86—89.
  15. А.И. Гарбер, А.П. Поярков, О перестановках , Влияние Вороного на современную науку. Книга 3: Материалы конференции Вороного по аналитической теории чисел и пространственным мозаикам, Киев, Институт математики, 2005, с.137—145.
Гранты и награды
  • Октябрь-декабрь 2013 г. Победитель совместной DAAD (Германской службы академических обменов) и стипендиальной программы МГУ «Владимир Вернадский» для проведения совместных исследований в Германии.
  • 2011-н. в. Участие в программе «Мегагрант» Правительства РФ по проекту 11.G34.31.0053 в качестве научного сотрудника Лаборатории дискретной и вычислительной геометрии Делоне.
  • 2010-н.в. Программа Правительства РФ по поддержке ведущих научных школ (гранты -5413.2010.1 и -4995-2012.1, член научной группы).
  • 2008-настоящее время. Участие в нескольких исследовательских проектах, финансируемых Российским фондом фундаментальных исследований. Гранты РФФИ 08-01-00565 (проект 2008-2010 гг., участник научной группы), 08-01-

    (совместный российско-японский проект РФФИ-JSPS 2008-2009 гг., участник научной группы), 11-01-00633 (проект 2011-2013 гг., член научной группы), 11-01-00735 (проект 2011-2013 гг., член научной группы).

Приглашенный исследователь
  • 18.03-01.04.2009, Институт статистической математики, Токио, Япония.
  • 16. 11-12.12.2009, Центр совместных исследований 701 Университета Билефельда, Билефельд, Германия.
  • 26.09-31.10.2010, Межфакультетский центр Бернулли, Федеральная политехническая школа Лозанны, Швейцария.
  • 29.09-26.10.2011, Королевский университет, Кингстон, Онтарио, Канада.
  • 25.09-18.10.2012, Королевский университет, Кингстон, Онтарио, Канада.
  • 30.10-01.12.2012, Центр совместных исследований 701 Университета Билефельда, Билефельд, Германия.
  • 15.10-14.12.2013, Исследовательский центр математического моделирования Билефельдского университета, Билефельд, Германия.
Избранные презентации
  • «Параллелоэдры и гипотеза Вороного» (частично совместная работа с Андреем Гаврилюком и Александром Магазиновым из Математического института им. Стеклова), 28 ноября 2013 г., Семинар по дискретной геометрии, Свободный университет Берлина, Берлин, Германия.
  • «Еще один бутерброд с ветчиной в самолете» (совместная работа с Алексеем Балицким и Романом Карасевым из МФТИ), 9 ноября 2013 г., Коллоквиум & Юный Комбинаторик, ТУ Ильменау, Ильменау, Германия.
  • «Плитки с уникальной вершинной короной» (совместная работа с Дирком Фреттлу из Университета Билефельда), 18 апреля 2013 г., Третья конференция по геометрии и топологии на самом юге Техаса, Техасский университет в Браунсвилле, Браунсвилл, Техас, США.
  • «Параллелоэдры и гипотеза Вороного» (частично совместная работа с Андреем Гаврилюком и Александром Магазиновым из Математического института им. Стеклова), 28 ноября 2012 г., Центр совместных исследований 701 «Спектральные структуры и топологические методы в математике», семинар, Билефельдский университет, Билефельд, Германия .
  • «Диаметр пояса одного класса объемных зонотопов», 22 мая 2012 г., Международная топологическая конференция «Александровские чтения», МГУ, Москва, Россия.
  • «Квазикристаллы, билипшицева эквивалентность и ограниченное движение» (совместная работа с Дирком Фреттлоумом из Билефельдского университета), 17 апреля 2010 г., Третья конференция по геометрии и топологии на юге Техаса, Техасский университет в Браунсвилле, Браунсвилл, Техас, США.

Алексей Гарбер | Блог Игоря Пака

Гипотезы — основа математики. Они повсюду, пронизывают каждую область, подобласть и подподобласть.Они достаточно разнообразны, чтобы избежать единого общего прилагательного. Они бывают всех форм и размеров. Некоторые из них известные, классические, общие, важные, вдохновляющие, далеко идущие, дерзкие, захватывающие или популярные, в то время как другие спекулятивные, узкие, технические, неточные, надуманные, вводящие в заблуждение или развлекательные. Это множество убеждений о недоказанных утверждениях, но мы упорно их разбрасываем, непреднамеренно раскрывая свой опыт, интуицию и предубеждения.

Догадки также различаются по отношению.Подобно финишной ленте, все они кажутся одинаково уязвимыми для постороннего, но на самом деле сильно различаются от гонки к гонке. Некоторые легко достижимы, вопрос только в том, кто доберется до них первым (например, 100-метровый забег). Другие едва замаячили на горизонте, требуя как больших усилий, разнообразных инструментов, так и длительного времени (вспомните триатлон Ironman). Самый знаменитый , третий тип , похож на те научно-фантастические космические экспедиции, требующие сотен лет работы с несколькими поколениями, часто теряя связь с цивилизацией, которую он оставил позади.И мы не можем забыть романтические четвертого типа — как и Полярную звезду, никто на самом деле не хочет их достигать, так как они в основном используются для навигации, чтобы найти направление в неизведанных водах.

Известно, что гипотезы составляют основу научного метода , но это совсем не то, что мы на самом деле думаем о них в математике. В этом резком посте в блоге я утверждал, что цитат являются наиболее важными для повседневного развития математики, поэтому следует проявлять особую осторожность при создании ссылок.Хотя это утверждение в значительной степени бесспорно и служит основанием для большинства профилей GoogleScholar , предположения обеспечивают удобный идеалистический выход. Таким образом, гораздо благороднее и добродетельнее сказать: « Я посвятил свою жизнь изучению XYZ-гипотезы » (даже если они никогда ничего не публикуют), чем « Я усердно работаю над написанием стольких работ, чтобы заслужить уважение к себе». сверстники, получить повышение и обеспечить мою семью ». Верно. Очевидно…

Но учитывая эту кажущуюся (истинную или предполагаемую) важность предположений, уверены ли вы, что используете их правильно? Что, если некоторые/многие из этих предположений на самом деле неверны, что тогда? Должны ли вы летать на этом космическом корабле, если там нет там ? Идеалист сказал бы что-то вроде « — это путешествие, а не пункт назначения », но я категорически не согласен. Приближение к истине на самом деле важно как в плане государственной политики, так и на индивидуальном уровне. Таким образом, очень важно понять, куда мы идем.

Что такое
предположений в математике?

Глупый вопрос, да? Гипотезы — это математические утверждения, обоснованность которых мы пытаемся установить. В том, что все? Ну да, если вам все равно, будет ли вообще кто-нибудь работать над гипотезой. Другими словами, что-то о догадке нужно интересное и вдохновляющее .

Чем интересна гипотеза?

На этот вопрос сложно ответить, потому что он настолько же психологический, насколько и математический. Типичный ответ: «О, потому что он старый/известный/красивый/и т. д.». Хм, хорошо, но давайте попробуем быть немного более формальным.

Обычно говорят: «О, это потому, что эта гипотеза подразумевает [список интересных утверждений и известных результатов]». Хорошо, но это самореферентный . Мы уже знаем все эти «известные результаты», поэтому нет необходимости доказывать их снова.И эти «утверждения» — просто другие предположения, так что на самом деле это аргумент типа «из этой гипотезы следует та гипотеза», поэтому он не является универсально убедительным. Можно возразить: «смотрите, у этой гипотезы столько интересных следствий». Но это и субъективно, и неинтуитивно. Разве наличие стольких интересных предположений не должно означать, что, возможно, предположение слишком сильное и, вероятно, ложное? И если предположение, вероятно, будет ложным, не должно ли это сделать его неинтересным ?

Кроме того, разве не было бы интересно опровергнуть предположение, которое все считают верным? В каком-то смысле не было бы еще интереснее, если бы до сих пор все до одного были просто неправы?

Разумеется, все это не новые идеи.Например, столкнувшись с необходимостью обосновать «великую» гипотезу до н.э. , а точнее 123 страницы обзора на эту тему (что довольно интересно и особо не нуждается в обосновании), авторы вдруг задумались. Помня о самореференциальном подходе, от которого они быстро отказываются, они избрали другую тактику:

.

Мы полагаем, что интерес гипотезы заключается в ощущении единства математики, которое она влечет за собой. [М.П. Гомес Апарисио, П. Джулг и А.Валетт, « Гипотеза Баума-Конна », 2019]

А? Разве математика не должна быть связана с абсолютными истинами, а не с чувствами? Кроме того, в моем предыдущем сообщении в блоге я упомянул цитату Ноги Алона о том, что математика уже « одна единица ». Если да, то зачем ему новое « чувство единство »? Или это одна из тех идей нового века, которые перестают быть правдой, если вы не подкрепляете их при каждом удобном случае?

Если вы запутались в этом вопросе, добро пожаловать в клуб! Не существует объективного способа аргументировать, что делает те или иные предположения интересными.Это все в нашем воображении. Николай Константинов как-то сказал мне, что « математика — скучный предмет, потому что каждое утверждение эквивалентно утверждению, что какое-то множество пусто». Он хотел быть провокационным, а не скучным. Но проблема, которая лежит в его основе, довольно серьезна.

Что заставляет нас верить в гипотезу?

Мы уже установили, что для того, чтобы доказать, что гипотеза интересна, нам нужно доказать, что она также верна, или, по крайней мере, мы хотим верить, что она верна, чтобы иметь все эти последствия.Обратите внимание, однако, что мы утверждаем, что гипотеза является истинной точно так же, как мы доказываем ее интересной : показывая, что она верна в некоторых особых случаях и что она подразумевает другие гипотезы, которые считаются истинными, потому что они также проверяются в различных частных случаях. По сути, в большинстве случаев это дает «правда = интересно». Верно?

Здесь все становится сложнее. Скажем, вы работаете над «гипотезой abc », которая может быть открытой, а может и не быть.Вы утверждаете, что это имеет много последствий, что делает его, вероятно, верным и интересным. Одним из них является отрицательное решение задачи Эрдёша–Улама о существовании плотного множества на плоскости с рациональными попарными расстояниями. Но положительное решение проблемы E-U подразумевает гипотезу Харборта (также известную как «интегральная проблема Фари ») о том, что любой граф можно нарисовать на плоскости с рациональными длинами ребер. Итак, вопреки здравому смыслу, если вы следуете изложенной выше логике, разве вы не должны работать над положительным решением для Эрдёша-Улама, поскольку оно подразумевало бы одно предположение и давало контрпример к другому? Для протокола, я бы не стал этого делать, просто полемизировал.

Я очень надеюсь, что вы понимаете, куда я иду. Поскольку нет объективного способа определить, верна гипотеза или нет, и что именно в ней такого интересного, не должны ли мы отказаться от наших предубеждений и также работать над опровержением гипотезы так же усердно, как и над ее доказательством?

Что говорят люди?

Начать стоит с общего (хотя и немного поэтичного) современного описания:

В математике [. .] великие предположения [являются] четко сформулированными утверждениями, которые, скорее всего, верны, но для которых еще не найдено окончательного доказательства.Эти догадки имеют глубокие корни и широкие разветвления. Поиском их решения руководит большая часть математики. Вечная слава ждет тех, кто покорит их первым. Примечательно, что математика возвела формулировку гипотезы в высокое искусство. [..] Удачно подобранное, но недоказанное утверждение может сделать его автора всемирно известным, иногда даже более известным, чем лицо, предоставившее окончательное доказательство. [Робберт Дейкграаф, Тонкое искусство математической гипотезы , 2019]

Карл Поппер считал, что гипотезы лежат в основе науки, даже если несколько идеализировал усилия по их опровержению:

[Великие ученые] — это люди со смелыми идеями, но крайне критически относящиеся к своим собственным идеям: они пытаются выяснить, правильны ли их идеи, пытаясь сначала выяснить, не ошибочны ли они. Они работают со смелыми предположениями и серьезными попытками опровергнуть собственные предположения. [Карл Поппер, Героическая наука , 1974]

Вот как он несколько примирил кажущееся противоречие:

На донаучном уровне нам ненавистна сама мысль о том, что мы можем ошибаться. Поэтому мы догматически цепляемся за наши догадки, пока это возможно. На научном уровне мы систематически ищем свои ошибки. [Карл Поппер, цитата Брайана Маги, 1971]

Пауль Эрдёш был, конечно, сторонником предположений и открытых проблем.Он шутил, что цель жизни — « доказательство и догадка», и эта тема неоднократно повторяется, когда о нем пишут. Трудно переоценить его работу, которая включала сотни докладов под названием « Мои любимые задачи ». Он написал более 180 статей с коллекциями гипотез и открытых задач (хорошо собранных Zbl. Math .)

У Питера Сарнака несколько противоположная точка зрения, так как он считает, что нужно быть предельно осторожным в высказывании предположения, чтобы люди не тратили время на работу над ним. Он сказал однажды, полушутя:

.

Поскольку мы вознаграждаем людей за правильное предположение, возможно, нам следует наказывать тех, кто делает неверное предположение. Дескать, отрезали пальцы . [Питер Сарнак, Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе, ок. 2012]

Это не точная цитата — я перефразирую по памяти. Излишне говорить, что я не согласен. Я не знаю, сколько пальцев он хотел, чтобы Эрдёш лишился, так как некоторые из его предположений были определенно опровергнуты: один, два, три, четыре, пять и шесть.Это не я злорадствую, наоборот. Когда вы выдвигаете сотни предположений на протяжении почти 50 лет, иметь всего несколько догадок, которые нужно опровергнуть, — это удивительный средний результат. Однако я был бы счастлив, если бы гипотеза Сарнака когда-нибудь была опровергнута.

Наконец, есть небольшое противоречие, ценятся ли предположения так же много, как и теоремы. Это метко резюмировано в этой цитате о еще одном чемпионе предположений:

.

Луи Дж.Морделл [в своей рецензии на книгу] подверг сомнению оценку Харди о том, что Рамануджан был человеком, чей природный талант был равен таланту Эйлера или Якоби. Морделл [..] утверждает, что о математике следует судить по тому, что он действительно сделал, под чем, по-видимому, Морделл подразумевает доказанные им теоремы. Оценка Морделла кажется мне совершенно неправильной. Я думаю, что удачная, но недоказанная гипотеза может иметь гораздо большее значение для математики, чем доказательство многих уважаемых теорем. [Атле Сельберг, « размышлений о столетии Рамануджана », 1988]

Так в чем проблема?

Ну, как я это вижу, усилия, приложенные к доказательству противопровержение догадок сильно выходит из равновесия. Несмотря на все высокомерные заявления Поппера о « суровых попытках опровергнуть собственные догадки », я не думаю, что в современных математических науках есть много правды в этом. Это не означает, что опровержения известных гипотез не приветствуются. Иногда они есть, см. ниже. Но мне ясно, что пруфы празднуются чаще и в гораздо большей степени. У меня есть только неофициальные доказательства в поддержку моего утверждения, но потерпите меня.

Взять призы. Известно, что Математический институт Клэя выделяет 1 миллион долларов на решение любой из этих крупных открытых задач. Но внимательно изучите правила. Согласно пункту 5b, за исключением задачи P vs. NP и задачи уравнения Навье–Стокса , он дает ничего ( $0 ) за опровержение этих проблем. Почему, ну почему?? Давайте посмотрим на «Основные задачи и задачи » CMI:

Для признания выдающихся достижений и достижений в математических исследованиях.

Похоже, что CMI не считает, что опровержение Гипотезы Римана должно быть вознаграждено, потому что это не будет «продвигать математические исследования». Вы, конечно, шутите? Что бы ни случилось с «, противоположным глубокой истине, вполне может быть другая глубокая истина »? Почему CMI хочет поставить большой палец на чашу весов и поддержать только одну сторону? Разве они не хотят найти решение, каким бы оно ни было? Не должны ли они стремиться отказаться от «неправильной гипотезы», чтобы спасти многочисленные исследования от « продвигается в никуда »?

Я уверен, вы видите, что моя кровь кипит, но давайте перейдем к P vs.НП проблема . Что если не зависит от ZFC ? Ясно, что CMI не стал бы платить за доказательство этого. Почему бы нет? Не то чтобы такого никогда раньше не было (см. обязательную ссылку на СН). Некоторые люди так считают (по крайней мере, так было в 2012 году), а некоторые люди, такие как Скотт Ааронсон, относятся к этому достаточно серьезно. Разве это не был бы отличный результат, достойный награды в той же степени, что и доказательство того, что P=NP , или, по крайней мере, неконструктивное доказательство того, что P=NP ?

Если у вас недостаточно сильно кружится голова, вот еще одна забавная цитата:

Конечно, возможно, что P vs. NP недоказуема, но сам этот факт навсегда ускользнет от доказательства: действительно, может быть, вопрос о независимости P по сравнению с NP сам по себе не зависит от теории множеств, и так до бесконечности! Но можно, по крайней мере, сказать, что если бы P против NP (или, если на то пошло, гипотеза Римана , гипотеза Гольдбаха и т. д.) была бы доказана независимой от ZF, это было бы беспрецедентным событием. [Скотт Ааронсон, P против NP , 2016].

Говоря о Гипотезе Гольдбаха , самом обсуждаемом и наиболее интуитивно правильном утверждении в теории чисел, которое я знаю. В качестве рекламного трюка в течение двух лет издательский дом присудил 1 миллион долларов за доказательство гипотезы . Почему только для доказательства? Я никогда не слышал, чтобы кто-то не верил в гипотезу. Если бы я был страховщиком приза (держу пари, что у них он был), я бы позволил им использовать «для доказательства или опровержения» всего за дополнительные 100 долларов премии. Еще за $50 я бы дал использовать «или независимо от ZF» — это халявные деньги, так почему бы и нет? Это такая пагубная идея вознаграждать только один вид результатов исследований!

Любопытно, что даже для гипотезы Гольдбаха существуют небольшие расхождения во взглядах на будущее. Например, Поппер пишет (дважды в одной книге!), что:

[О том, является ли гипотеза Гольдбаха «доказуемой»] Мы не знаем: возможно, мы никогда не узнаем, а может быть, никогда не узнаем.[Карл Поппер, Догадки и опровержения , 1963]

Тьфу. Возможно. Я предполагаю, что может случиться что угодно … Например, наши цивилизации могут «возможно» вымереть в ближайшие 200 лет. Но вероятно ли это? Не должно ли мрачное прошлое быть предупреждением, а не предсказанием будущего? Единственное, что более возмутительно пессимистично, так это богословская жемчужина цитаты:

.

Даже Бог не знает количества перестановок 1000, чтобы избежать шаблона 1324 . [Дорон Зейлбергер, цитируется здесь, 2005 г.]

Спасибо, Дорон! Какой способ поощрить всех! Поскольку из численных оценок мы знаем, что это число составляет ≈ 3,7 × 10 90 409 1017 90 410 (см. эту статью и это продолжение), Зейлбергер предполагает, что числа избегания больших паттернов невероятно трудно вычислить 90 137 точно 90 140 , уже в диапазоне всего лишь 90 137 . около 1018 цифр. Я очень надеюсь, что он ошибся еще при жизни.

Но я отвлекся. Я хочу подчеркнуть, что есть много способов решить проблему.Тем не менее, некоторые результаты считаются более ценными, чем другие. Разве не следует вознаграждать исследовательские достижения, а не желаемый результат? Вот еще одно красочное мнение по этому поводу:

Учитывая гипотезу, лучше всего ее доказать. Вторая лучшая вещь, чтобы опровергнуть это. В-третьих, лучше всего доказать, что это невозможно опровергнуть, так как это скажет вам не тратить время на попытки опровергнуть это. Это то, что Гёдель сделал для гипотезы континуума. [Сахарон Шелах, Rutgers Univ.Коллоквиум , 2001]

Какое мне дело?

Во-первых, опровержение предположений — часть того, чем я занимаюсь. Иногда люди немного стесняются однозначно сформулировать их как формальные предположения, поэтому они формулируют их как вопросов или открытых проблем , но затем уточняют, что считают ответ положительным. Это различие без различия, или, по крайней мере, я его не вижу (может быть, они боятся гнева Сарнака?). В любом случае, доказывать ошибочность их убеждений — это то, чем я занимаюсь.

Например, вот мой старый болотный пост о моем опровержении гипотезы Нунана-Зейбергера (совместно со Скоттом Гаррабрантом). И в этой недавней статье (совместно с Дэнни Нгуеном) мы опровергаем одним большим махом как проблему Барвинока , проблему Каннана , так и гипотезу Вудса . Только в этом году я опроверг три предположения:

  1. Гипотеза Кириллова–Клячко (2004) о том, что приведенные коэффициенты Кронекера удовлетворяют свойству насыщения (эта статья, совместно с Гретой Пановой).
  2. Brandolini et al. Гипотеза (2019) о том, что многогранники с конкретной решеткой могут размножать пространство (эта статья, совместно с Алексеем Гарбером).
  3. Задача Кеньона (ок. 2005 г.) о том, что каждая интегральная кривая в R 3 является границей PL-поверхности, состоящей из единичных треугольников (эта статья, совместно с Алексеем Глазыриным).

Кроме того, всего два месяца назад в этой статье (совместно с Хань Лю) мы показали, что замечательная эвристика независимости И.J. Хорошо для числа 90 137 таблиц непредвиденных обстоятельств 90 140 , плохо даже для почти всех однородных маргиналов. Это не совсем опровержение догадки, но близко, так как эвристика была введена еще в 1950 году и продолжает хорошо работать на практике.

Кроме того, в настоящее время я работаю над опровержением еще двух старых догадок, которые останутся безымянными до тех пор, пока мы их не решим (чего, конечно, никогда не произойдет). В общем, я глубоко погружен в опровержение догадок.Причины несколько сложны (см. некоторые из них ниже). Но какими бы ни были мои причины, я требую и наивно ожидаю, чтобы мои опровержения рассматривались наравне с доказательствами, независимо от того, имеет ли это ожидание какое-либо отношение к действительности.

Мои любимые опровержения и контрпримеры:

Их много. Вот лишь некоторые из известных и не очень известных, в историческом порядке:

  1. Гипотеза Ферма (письмо к Паскалю, 1640 г.) о простоте Числа Ферма , опровергнутые Эйлером (1747 г.) В.T. Tutte (1946)
  2. Общая проблема Бернсайда (1902) о конечности периодических групп, решенная отрицательно Е.С. Голод (1964)
  3. Гипотеза Келлера (1930) о разбиениях единичными гиперкубами, опровергнутая Джеффом Лагариасом и Питером Шором (1992)
  4. Гипотеза Борсука (1932) о разбиении выпуклых множеств на части меньшего диаметра, опровергнутая Джефф Кан и Гил Калаи (1993)
  5. Гипотеза Хирша (1957) о диаметре графов выпуклых многогранников, опровергнутая Пако Сантосом (2010)
  6. Гипотеза Вудса (1972) о радиусе покрытия некоторых решеток , опровергнут Одедом Регевом, Ури Шапира и Бараком Вайсом (2017)
  7. Проблема вложения Конна (1976), решена отрицательно Чжэнфэн Цзи, Анандом Натараджаном, Томасом Видиком, Джоном Райтом и Генри Юэном (2020)

Всего эти случаи, опровержения и контрпримеры не остановили исследование. Наоборот, они дали толчок дальнейшему (иногда многочисленному) развитию в этой области.

Зачем опровергать предположения?

Есть три причины разной природы и важности.

Первый , опровергающий догадки конъюнктурный . Как упоминалось выше, люди стараются доказать гораздо больше, чем опровергнуть. Это создает ниши возможностей для непредубежденного математика.

Второй , опровергающий догадки красивый .Позволь мне объяснить. Гипотезы имеют тенденцию быть жесткими , например, «объекты типа pqr удовлетворяют свойству abc ». Люди вроде меня верят в идею «универсальности ». Кто-то может назвать это « полнота » или даже « закон Мерфи », но общий принцип всегда один и тот же. А именно: недостаточно, чтобы один желал , чтобы все pqr удовлетворяли abc , чтобы действительно верить в вывод; скорее, должна быть веская причина почему abc должно выполняться. За исключением этого, pqr может быть практически любым, например без abc . В то время как некоторые утверждают, что не-abc объекты «уродливы» или, по крайней мере, «не так хороши», как abc , идея универсальности означает, что ваши объекты могут быть всех цветов радуги — красивый цвет, уродливый цвет, поразительный цвет, тихий цвет и т. д. В такой палитре есть свое чувство прекрасного , но это, я полагаю, вкус приобретенный.

Третий , опровергающий догадки конструктивный . Это, конечно, зависит от характера гипотезы, но часто приходится сталкиваться с необходимостью построить контрпример. Думайте об этом как о инженерной проблеме построения некоторого pqr , который в то же время не является abc . Такое построение, если оно вообще возможно, может быть трудным, трудоемким и компьютеризированным. Но что с того? Что бы вы предпочли: построить небоскреб высотой в милю (пока их не существует) или доказать, что это невозможно? Любопытно, что в CS Theory и алгоритмы, и (многие) результаты сложности являются конструктивными (вам нужны гаджеты). Даже GCT частично конструктивны, хотя объяснение этого заняло бы у нас некоторое время.

Что делать учреждениям?

Если вы являетесь учреждением , которое присуждает призы , прекратите нести юридическую чепуху: «Мы присуждаем […] только за публикацию доказательства в ведущем журнале». В любом случае вам нужно создать научный комитет, иначе иногда трудно сказать, заслуживает ли кто-то премии. От математиков в любом случае можно ожидать чего угодно. Кто-то опубликует два препринта arXiv, прочитает несколько лекций и перестанет отвечать на электронные письма.Другие будут публиковаться только в журнале, главным редактором которого они являются. Это более странно, чем фантастика, правда.

Что вам следует сделать, так это указать в официальных правилах: «У нас есть [ столько денег ] и независимый научный комитет, который будет признавать любой прогресс в [ этой проблеме ] частично или полностью по своему усмотрению». Тогда опровержение или результат независимости получат столько же, сколько и доказательство (что сделано, то сделано, что еще вы собираетесь делать с деньгами?). Это также обеспечит некоторую гибкость для частичных решений.Скажем, кто-то доказывает гипотезу Гольдбаха для целых чисел > exp(exp(10 100000 )), что намного превышает вычислительные мощности для проверки остальных целых чисел. Я бы отдал этому человеку не менее 50% призовых денег, оставив остальное на будущие разработки, возможно, многие люди улучшат свои навыки. Однако по старым правилам приза такой человек получает бакены за свой прорыв.

Что делать журналам?

Короче говоря, станьте более открытыми для результатов вычислительного и экспериментального характера.Если это звучит знакомо, то это потому, что это краткое изложение мнений Зейлбергера , рассмотренное с благотворительностью. Он прав в этом. Это включает публикацию результатов типа «На основании вычислительных данных мы верим в следующую гипотезу UVW » или «Мы разрабатываем новый алгоритм, который подтверждает гипотезу UVW для n<13″. Это по-прежнему вклад в математику, и журналы должны научиться распознавать их как таковые.

В контексте нашей темы ясно, что гораздо больше усилий было приложено к доказательствам, чем к поиску контрпримеров.Однако во многих областях математики нет 90 137 маленьких 90 140 контрпримеров, поэтому для любой надежды на их поиск необходимы большие вычислительные усилия. Такая работа не будет такой гламурной, как традиционные бумаги. Но на самом деле, когда дело доходит до стандартов, если журнал готов опубликовать исследование чего-то вроде « нулевых графиков », корабль уплыл за вами…

Позвольте мне привести вам конкретный пример, когда без вычислительных усилий не обойтись. Любопытная гипотеза Ловаша утверждает, что каждый конечный связный вершинно-транзитивный граф содержит гамильтонов путь.Это предположение оказалось ложным. Это поражает каждый красный флаг — на самом деле нет причин, по которым pqr = «вершинный транзитив» должен подразумевать abc = «гамильтониан». Наилучшая нижняя оценка длины самого длинного (самоизбегающего) пути составляет примерно квадратный корень из числа вершин. На самом деле, даже первоначальная формулировка Ловаша показывает, что он не верил, что гипотеза верна (к тому же, я спросил его, и он подтвердил).

К сожалению, доказательство того, что некоторый потенциальный контрпример не является гамильтоновым, является вычислительно сложным.Когда-то у меня была идея одного из них (хороший кубический граф Кэли «только» с 3600 вершинами), но Билл Кук быстро нашел гамильтонов цикл, разбивающий мои надежды (с его стороны было мило заняться этой проблемой). Возможно, когда-нибудь, когда решатели TSP станут достаточно быстрыми на гораздо больших графах, придет время вернуться к этой задаче и тщательно протестировать ее на больших графах Кэли. Но скажем, несмотря на большие шансы, я преуспеваю и нахожу контрпример. Будет ли ведущий журнал публиковать такую ​​статью?

Дилемма редактора

Существует три реальных критерия оценки решения открытой задачи журналом:

  1. Это старая, известная или хорошо изученная проблема?
  2. Являются ли инструменты достаточно интересными или инновационными, чтобы быть полезными в будущих исследованиях?
  3. Достаточно ли важны последствия решения других проблем?

Теперь проведем гипотетический эксперимент. Допустим, в ведущий математический журнал поступила статья, в которой решалась известная открытая задача по комбинаторике. Далее, допустим, кто-то уже доказал, что это эквивалентно серьезной проблеме в TCS. Это проверяет критерии 1 и 3. До недавнего времени он все равно был бы отклонен, поэтому давайте предположим, что это происходит относительно недавно.

Теперь представьте себе два параллельных мира, где в первом мире гипотеза доказана на 2 страницах с помощью красивой, но элементарной линейной алгебры, а во втором мире гипотеза опровергнута на 2-страничном резюме подробного вычислительного поиска. .Итак, ни в том, ни в другом мире у нас мало что удовлетворяет критерию 2. Теперь вопрос: в каком мире статья будет опубликована?

Если вы поняли, что первый мир — это история об элегантном доказательстве Хао Хуангом гипотезы о индуцированных подграфах гиперкубов, которая подразумевает гипотезу о чувствительности . Анналы опубликовали это, я счастлив узнать, в долгожданный разрыв с прошлым. Но если мы не говорим о какой-то известной гипотезе 200-летней давности, я не могу представить, чтобы Анналы приняли короткую вычислительную статью во втором мире.Действительно, потребовалось немного скандала, чтобы принять даже 400-летнюю гипотезу Кеплера , которая заключалась в том, что доказала в замечательной вычислительной работе.

А теперь подумай об этом. Что-то из этого справедливо? Не следует ли нам как сообществу лучше поступить в этом вопросе?

Что делают другие люди?

На протяжении многих лет я спрашивал многих людей о неопределенности, создаваемой предположениями, и о том, что они с этим делают. Ответы меня удивили.Вот я их перефразирую:

Некоторые были ошарашены : «Что вы имеете в виду, что это предположение может быть ложным? Это должно быть правдой, иначе все, что я делаю, не имеет особого смысла».

Другие были упрощенными : «Это важное предположение. Известные люди сказали, что это правда. Моя работа — доказать это».

Третий был оборонительным : «Вы действительно думаете, что это предположение может быть ошибочным? Почему бы вам не попытаться опровергнуть это тогда? Посмотрим, кто прав.

Четвертый был библейским : «Я склонен работать 6 дней в неделю над доказательством и один день над опровержением».

Пятый были практический : «Я работаю над доказательством, пока не упёрся в стену. Я использую идею этого препятствия, чтобы попытаться построить потенциальные контрпримеры. Когда я нахожу способ отбросить такие контрпримеры, я пытаюсь обобщить подход, чтобы продолжить работу над доказательством. Продолжайте, пока одна из сторон не выиграет.

Если последние два кажутся вам разумными, то это потому, что так оно и есть. Тем не менее, держу пари, что четвертый просто показуха — они на самом деле этого не делают. пятый звучат великолепно, когда это возможно, но, на мой взгляд, это случается крайне редко. Мы живем в технический век, когда доказательство новых результатов часто требует больших усилий и технологий. Скорее всего, у вас есть инструменты и интуиция, чтобы работать только в одном направлении. Зачем вам тратить время на работу в другом?

Что делать?

Сначала , не забудьте сделать предположения .Каждый раз, когда вы пишете статью, рассказывайте историю того, что вы доказали. Затем расскажите историю о том, что вы хотели доказать, но не смогли. Сформулируйте его в виде предположения. Не бойтесь ошибаться или быть правым, но делиться своими идеями. Это минус, конечно. Но плюс в том, что ваша гипотеза может оказаться очень полезной для других, особенно для молодых исследователей. Мы можем продвинуть область или помочь вам найти соавтора для ее решения.

Второй научитесь проверять свои догадки вычислением во многих мелких случаях. Важно предоставить подтверждающие доказательства, чтобы другие серьезно отнеслись к вашим предположениям.

Третий , научиться проводить эксперименты , исследовать область вычислительным путем. Вот как вы делаете новые предположения.

Четвертый , пойми сам . Ваше мастерство, ваши инструменты. Ваши способности, такие как решение проблем, усвоение информации из литературы или наведение мостов в другие области. Столкнувшись с предположением, используйте это знание, чтобы понять, сможете ли вы хотя бы в принципе доказать или опровергнуть предположение.

Пятый , активно искать соавторов . Те, у кого есть навыки, инструменты или способности, которых вам не хватает. Что еще более важно, у них может быть другая точка зрения на достоверность гипотезы и на то, как ее можно опровергнуть. Спорьте с ними и учитесь у них.

Шестое , будь смелым и оптимистичным ! Если вы решите доказать, опровергнуть гипотезу или просто сформулировать новую гипотезу, действуйте! Не обращайте внимания на суждения таких, как Сарнак и Зейлбергер. Поверьте мне — они не имеют в виду это на самом деле.

мадхусудан73 | мадхумат

Добро пожаловать на мою домашнюю страницу! Я доцент кафедры математики ИИТ Бомбея.
Я вхожу в состав семинарского комитета IITB, факультет математики.
Итак, если вы посещаете эту часть мира, пожалуйста, свяжитесь с нами.

Аспиранты

Рахул Сингх Карки интересуется коммутативной алгеброй и ее взаимодействием с комбинаторикой.

Постдоки

Амит Рой в CEBS, Мумбаи.

Раджиб Саркар в TIFR, Мумбаи.

Должности постдоков

Начинающим исследователям, интересующимся комбинаторными аспектами коммутативной алгебры и алгебраической геометрии в широком понимании, рекомендуется связаться со мной. У нас есть несколько постдокторских должностей, см. веб-страницу кафедры и веб-страницу института. Продолжительность постдока может варьироваться от 1 до 3 лет.

В качестве постдока в IITB вам предлагается воспользоваться преимуществами больших исследовательских групп по коммутативной алгебре и алгебраической геометрии в Мумбаи и активно участвовать в семинарах.

Подробнее обо мне

Я был в IHES с 20 октября по 2 декабря 2017 г.
Ранее, в 2017 г., я провел четыре месяца в Институте математики и физики им. Эрвина Шредингера в Вене в качестве младшего научного сотрудника и три месяца в Математическом институте в Обервольфахе ( MFO) в качестве стипендиата Лейбница.
До недавнего времени я был исследователем с докторской степенью в Школе математических наук Лондонского университета королевы Марии и приглашенным доцентом кафедры математики Калифорнийского университета в Беркли. Моя должность в Беркли частично финансировалась стипендией Феодера-Лайнена Фонда Гумбольдта. Моим наставником был профессор Бернд Штурмфельс. Ранее я был приглашенным доцентом в Школе математики Технологического института Джорджии, где моим наставником был проф.Мэтт Бейкер.

Новости

14 ноября 2021 г .: Книга Брилла-Нётер о существовании графов через ℝ-дивизоры, многогранники и решетки принята к публикации в Selecta Mathematica.

28 января 2021: Я буду участвовать в семестровой программе по комбинаторной алгебраической геометрии в ICERM.

28 января 2021: Наше (совместно с Арвиндом Айером и Пранавом Пандитом) предложение о проведении двухнедельного семинара под названием « Комбинаторная алгебраическая геометрия — тропическая и реальная » было принято.Семинар запланирован на   27 июня – 8 июля 2022 года .

3 декабря 2020 г .: Вот видео доклада о рядах делителей Пуанкаре на графиках.

25 ноября 2020 г .: Только что разместил в arXiv препринт «Ряд делителей Пуанкаре на графах и цепочках петель».

30 марта 2020 г. Наше (совместно с Арвиндом Айером и Пранавом Пандитом) предложение о проведении двухнедельного семинара под названием « Комбинаторная алгебраическая геометрия — тропическая и реальная » 12–23 июля 2021 г. в ICTS было принято.Подробности появятся чуть позже. Этот семинар запланирован сразу после FPSAC 2021 (5-9 июля 2021 г. ).

18 февраля 2020 г., визит в Японию с середины апреля до середины мая 2020 г., будет проходить в Университете Васэда, Токио (принимающий: Сатоши Мураи). Я также планирую посетить Осаку и Киото. (30 марта 2020 г.: должно быть отложено из-за ситуации с COVID-19)

27 января 2020 г. Получен грант MATRICS от SERB на следующие три года (http://www.serb.gov.in/matrix.php).

27 января 2020 г., я буду в ICTS 8-14 февраля на семинаре (https://www.icts.res.in/discussion-meeting/mbrs2020)

11 ноября 2019 г., я вхожу в состав оргкомитета FPSAC (http://fpsac.org/confs/fpsac-2021/), который пройдет в IISc, Бангалор, 5–21 июля 2021 г.

26 мая 2019 г., я буду в CIRM, Марсель, 17-28 июня 2019 г., а затем посещу Политехническую школу, Париж, 1-3 июля, MPI-MIS, Лейпциг, 3-7 июля.

13 марта 2019 г., Спенсер Бэкман, Е Луо и я посетим CIRM, Марсель, для проведения исследования в парах с 17 по 28 июня 2019 г.

30 ноября 2018 г. Присутствовал на 84-м ежегодном собрании Индийского математического общества в Джамму и Кашмире.Выступил на сессии «Коммутативная алгебра и алгебраическая геометрия».

4 ноября 2018 г. Присутствовал на 84-м ежегодном собрании Индийской академии наук в Варанаси.

4 июля 2018 г. Был выбран членом Индийской академии наук.

25 июня 2018, Школа ATM по комбинаторной коммутативной алгебре на прошлой неделе прошла очень весело! Искренняя благодарность всем участникам. Очень понравилось читать лекции в нем и слушать другие лекции.Сейчас мы готовим конспекты лекций, которые планируем разместить в arxiv.

28 февраля 2018 г. Я посещу ICTP, Триест, Италия, на один месяц (15 мая — 15 июня 2018 г.) в рамках выездной стипендии по математике.

20 декабря 2017 г., Возвращение в IITB после посещения IHES, конференция в Пуне по коммутативной алгебре и алгебраической геометрии.

4 августа 2017 г. В настоящее время находится в Бангалоре, присоединится к IITB в середине августа. Посещение IHES, Париж, 20 октября – 20 декабря 2017 г.

6 июля 2017 г. Мы планируем начать семинар на тему «Комбинаторные аспекты алгебраической геометрии и коммутативной алгебры» в ИИТ Бомбея, начиная с августа 2017 г.Более подробная информация появится в ближайшее время.

23 мая 2017 г., с августа 2017 г. я начинаю работать доцентом кафедры математики ИИТ Бомбея.

1 апреля 2017 г., Коммутативная алгебра обобщенных чисел Фробениуса находится в архиве.

8 января 2017 г.: В этом году я проведу время в MFO, Институте Шредингера в Вене и IHES в Париже.

4 ноября 2016: Возвращаемся в Лондон и ожидаем быть здесь до конца декабря.

24 октября 2016 г .: Посещение Университета Райса 26, 27 октября, а затем Миннеаполиса на специальной сессии AMS «Обжиг чипов, делители на графе и симплициальный комплекс», 28–30 октября.Мой доклад в субботу, 29 октября.

6 октября 2016 г .: В этом семестре мы проводим семинар по тропической геометрии в Imperial. Наша первая встреча состоится завтра в 16:00 (7 октября) по адресу Хаксли 109. Пожалуйста, зайдите или напишите мне, если вы хотите узнать больше об этом.

13 сентября 2016 г.: Возвращаемся в Лондон и ожидаем, что пробудем в этом районе весь сентябрь.

1 августа 2016 г.: Визит в Индию с 5 августа по 7 сентября 2016 г. Я посещу TIFR, Мумбаи, ИИТ Бомбей и ИИТ Мадрас.

25 июля 2016 г .: Я посещаю латиноамериканскую алгебру в Буонес-Айресе, Аргентина, 26–29 июля. Я выступлю на специальной сессии по вычислительной алгебре и приложениям алгебры в пятницу, 29 июля.

20 июля 2016 г.: Я посещу МФО, Обервольфах по стипендии Лейбница с января по март 2017 г.

24 июня 2016: Сизигия над Полукольцом Многогранника находится в архиве.

Адрес

Школа математических наук,
Лондонский университет королевы Марии,
Mile End Road,
London, E1 4NS.

Электронная почта


Мои научные интересы связаны с комбинаторными аспектами алгебраической геометрии и коммутативной алгебры. В частности,

  • Тропическая и неархимедова геометрия
  • Комбинаторная коммутативная алгебра
  • Алгебраическая комбинаторика

Моя страница ученого в Google дает представление о моих работах. Вот некоторые темы, над которыми я работал.

  • Коммутативная алгебра теории Брилла-Нётер на графах:

Мы изучаем теорию Брилла-Нётер на графах с точки зрения коммутативной алгебры.Мы определяем модули на аффинных полугрупповых кольцах, связанных с графами, ряды Гильберта которых фиксируют информацию, относящуюся к специальным делителям на графах.

  • Короткие точные последовательности Тутте, связанные с графиками:

Мы строим короткие точные последовательности, соответствующие повторениям удаления-сокращения Тутте.

Другие недавние проекты:

  • Сизигии над многогранными полукольцами:

Тропическая геометрия и ее приложения указывают на теорию сизигий над многогранными полукольцами. Широкая цель этого проекта состоит в том, чтобы развить это понятие и изучить приложения, например, к каноническим вложениям тропических кривых (разработанные Хаазе, Мусикером и Ю) в соответствии с исследованиями Грина сизигий канонических алгебраических кривых. Недавно я закончил статью, в которой сделаны первые шаги в этом направлении.

Общая цель этого проекта состоит в том, чтобы исследовать построение «хороших» тропификаций канонических алгебраических кривых. Точнее, мы имеем в виду тропикализацию, которая дает ценную информацию об анализе Берковичем алгебраической кривой.Это привело к концепции кривых тропического графика. Используя это, мы строим тропикализацию, которая захватывает топологию анализа Берковича для алгебраических кривых, граф которых, лежащий в основе анализа Берковича, является трехсвязным плоским графом. См. ниже препринты.

  • Коммутативная алгебра обобщенных чисел Фробениуса:

Одной из целей этого проекта является разработка коммутативно-алгебраических интерпретаций обобщенных чисел Фробениуса. Комбинаторные аспекты получили развитие в работах Бека и Робинса, а также в недавних работах Алиева, Де Лоэра и Луво.Недавно я конкурировал работу с Б. Смитом в этом направлении.

Исследовательские статьи

2020

2019

ноябрь

июля

май

2018

июля

июнь

2017

Октябрь

2016

Январь

2015 г. и ранее:

    • Явная деформация решетчатых идеалов с помощью запуска микросхем на ориентированных графах, Спенсер Бэкман и Мадхусудан Манджунат, Журнал алгебраической комбинаторики, том 42, выпуск 4, стр. 1097-1110, 2015.
    • Минимальные свободные разрешения идеала функции G-парковки и идеала опрокидывания, Мадхусудан Манджунат, Франк-Олаф Шрайер и Джон Уилмес, Труды Американского математического общества, том 367, стр. 2853-2874, 2015.
    • Одночлены, биномы и Римана-Роха,
      Мадхусудан Манджунат и Бернд Штурмфельс, Журнал алгебраической комбинаторики, том 37, выпуск 4, стр. 737-756, 2013.
    • Лапласова решетка графа с симплициальной функцией расстояния,
      Мадхусудан Манджунатх, Европейский журнал комбинаторики, том 34,
      , выпуск 6, стр. 1051–1070, 2013.
    • Ранг делителя на конечном графе: геометрия и вычисления., Madhusudan Manjunath, 2011, доступно в архиве по адресу arXiv:1111.7251v1.
    • Риман Рох для подрешеток корневой решетки Ан, Омид Амини и Мадхусудан Манджунат, Electronic Journal of Combinatorics 17 (2010), Research Paper 124.
    • Применение уменьшения размерности и экспоненциальных сумм к автоморфизму графов, Мадхусудан Манджунат и Викрам Шарма, Теоретическая информатика, том 412, выпуск 29, стр. 3639-3649, 2011.
    • Approximate Counting of Cycles in Streams, Madhusudan Manjunath, Kurt Mehlhorn, Konstantinos Panagiotou and He Sun, материалы Европейского симпозиума по алгоритмам (ESA), 2011.
    • Минимизация абсолютной гауссовой кривизны над сетками, Иоахим Гизен и Мадхусудан Манджунат, Вычислительная геометрия, Материалы семинара Дагштуля, 2009 г.

Диссертация


Обучение

В январе 2016 года я читал курс LTCC по тропической геометрии.Ранее я преподавал введение в абстрактную алгебру, математику 113 в Беркли. Ранее я преподавал курсы как на уровне бакалавриата, так и на уровне магистратуры. На уровне бакалавриата я читал курсы по линейной и дискретной математике и исчислению в Технологическом институте Джорджии, а на уровне магистра — курс по комбинаторной коммутативной алгебре в Саарландском университете.

Работа со студентами

Как постдокторант, мне особенно понравилось работать со студентами
и студентами бакалавриата: наставничество, обмен с ними своим опытом и обучение у них доставляло мне огромное удовольствие! Я надеюсь на дальнейшее сотрудничество со студентами и аспирантами в будущем.

Путешествие

Некоторые прошлые путешествия

список публикаций Garber Lab

  • Одновременное профилирование нескольких белков хроматина в одних и тех же клетках

    Четверг, 18 ноября 2021 г.

    Авторы): Снеха Гопалан, Юцин Ван, Николас В.Харпер, Мануэль Гарбер, Томас Г. Фаццио

    Источник: Молекулярная ячейка

  • scRNA-seq человеческого витилиго выявляет сложные сети субклинической иммунной активации и роль CCR5 в функции Treg

    8 сентября 2021 г., среда

    Авторы): Кайл Геллатли, Джеймс П.Штрасснер, Кингсли И. Эссьен, Магги Ахмед Рефат, Рэйчел Л. Мерфи, Энтони Коффин-Шмитт, Майкл Л. Фрисоли, Сюэли Фан, Эванджелин Э. Ким, Зайнаб Аббас, Патрик Макдонел, Мэн…

    Источник: Научная трансляционная медицина

  • Иерархия сигнальных порогов ниже рецептора Т-клеток и киназы Tec ITK

    вторник, 31 августа 2021 г.

    Авторы): Майкл П.Галлахер, Джеймс М. Конли, Пранита Вангала, Мануэль Гарбер, Андреа Ребольди, Лесли Дж. Берг

    Источник: Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки

  • Одновременное профилирование нескольких белков хроматина в одних и тех же клетках [препринт]

    Среда, 28 апреля 2021 г.

    Авторы): Снеха Гопалан, Юцин Ван, Николас В.Харпер, Мануэль Гарбер, Томас Г. Фаццио

    Источник: биоРксив; Владельцем авторских прав на этот препринт является автор/спонсор, предоставивший компании bioRxiv лицензию на бессрочное отображение препринта. Он доступен под лицензией CC-BY-NC-ND 4.0 Internationala…

    .
  • Получение информации о генетике витилиго через призму крупного эпидемиологического исследования

    Четверг, 1 апреля 2021 г.

    Авторы): Кен Окамура, Мануэль Гарбер, Джон Э. Харрис

    Источник: Журнал исследовательской дерматологии

  • Киназа Tec ITK по-разному оптимизирует передачу сигналов NFAT, NF-κB и MAPK во время ранней активации Т-клеток, чтобы регулировать градуированную индукцию генов [препринт]

    Суббота, 14 ноября 2020 г.

    Авторы): Майкл П.Галлахер, Джеймс М. Конли, Пранита Вангала, Андреа Ребольди, Мануэль Гарбер, Лесли Дж. Берг

    Источник: биоРксив; Владельцем авторских прав на этот препринт является автор/спонсор, предоставивший компании bioRxiv лицензию на бессрочное отображение препринта. Он доступен под лицензией CC-BY 4.0 International lice…

  • Многофункциональный инструмент сравнительной геномики для научных открытий и сохранения

    Среда, 11 ноября 2020 г.

    Авторы): Консорциум Zoonomia, Дайан П.Женеро, Мануэль Гарбер, Керстин Линдблад-То, Элинор К. Карлссон

    Источник: Природа; © Автор(ы) 2020. Открытый доступ. Эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение. ..

  • Атлас типов клеток в придатке яичка и семявыносящих протоках мышей

    Четверг, 30 июля 2020 г.

    Авторы): Вера Д.Ринальди, Элиза Доннард, Кайл Геллатли, Мортен Расмуссен, Альпер Кучукурал, Онур Юкселен, Мануэль Гарбер, Упасна Шарма, Оливер Дж. Рандо

    Источник: электронная жизнь; Авторское право Ринальди и др. Эта статья распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование и распространение при условии, что оригинал au. ..

  • Рецептор SARS-CoV-2 ACE2 представляет собой интерферон-стимулируемый ген в эпителиальных клетках дыхательных путей человека и обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях.

    Понедельник, 27 апреля 2020 г.

    Авторы): Карли Г.К. Зиглер, Юмин Цао, Жиру Го, Дженнифер П. Ван, Роберт В. Финберг, Мануэль Гарбер, Алекс К. Шалек, Хосе Ордовас-Монтанес, HCA Lung Biological Network

    Источник: Клетка; Copyright 2020 Авторы. Опубликовано Elsevier Inc. Это статья в открытом доступе по лицензии CC BY-NC-ND (http://creativecommons. org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

  • DolphinNext: платформа распределенной обработки данных для высокопроизводительной геномики

    Воскресенье, 19 апреля 2020 г.

    Авторы): Онур Юкселен, Осман Тюркилмаз, Ахмет Р.Озтюрк, Мануэль Гарбер, Альпер Кучукурал

    Источник: геномика ВМС; © Автор(ы). Открытый доступ 2020 г.: эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение. ..

  • Индуцированные ВИЧ-1 цитокины истощают гомеостатические врожденные лимфоидные клетки и расширяют TCF7-зависимые NK-клетки памяти.

    Воскресенье, 1 марта 2020 г.

    Авторы): Йетао Ван, Лоуренс М.Лифшиц, Кайл Геллатли, Шон М. Макколи, Пранита Вангала, Кьюсик Ким, Алан Дж. Дерр, Смита Джайсвал, Альпер Кукукурал, Патрик Макдонел, Томас С. Гриноу, Джин-Мари Хоутон,…

    Источник: Природная иммунология

  • Транскриптомика одиночных клеток выявляет дисрегуляцию клеточных и молекулярных сетей в модели синдрома ломкой X [препринт]

    Четверг, 13 февраля 2020 г.

    Авторы): Элиза Доннард, Хуан Шу, Мануэль Гарбер

    Источник: биоРксив; Правообладателем этого препринта (который не прошел рецензирование) является автор/спонсор.Он доступен под международной лицензией CC-BY-ND 4.0.

  • Атлас типов клеток придатка яичка и семявыносящего протока млекопитающих [препринт]

    Пятница, 24 января 2020 г.

    Авторы): Вера Д.Ринальди, Элиза Доннард, Кайл Геллатли, Мортен Расмуссен, Альпер Кучукурал, Онур Юкселен, Мануэль Гарбер, Упасна Шарма, Оливер Дж. Рандо

    Источник: биоРксив; Правообладателем этого препринта (который не прошел рецензирование) является автор/спонсор. Он доступен под международной лицензией CC-BY 4.0.

  • Восстановление жизнеспособных эндокринно-специфических клеток и транскриптомов у мышей с трансплантированными островками поджелудочной железы человека

    Среда, 1 января 2020 г.

    Авторы): Самбра Д.Редик, Линда Лихи, Энн Р. Риттенхаус, Дэвид М. Блоджетт, Алан Г. Дерр, Альпер Кукукурал, Мануэль Гарбер, Леонард Д. Шульц, Дейл Л. Грейнер, Дженнифер П. Ван, Дэвид М. Харлан, Рита Бортелл. ..

    Источник: Журнал FASEB: официальное издание Федерации американских обществ экспериментальной биологии; © 2019 Авторы.Журнал FASEB, издаваемый Wiley Periodicals, Inc. от имени Федерации…

  • Частая потеря IRF2 при раке приводит к уклонению от иммунитета за счет снижения презентации антигена MHC I класса и повышения экспрессии PD-L1

    1 октября 2019 г., вторник

    Авторы): Бэрри Кригсман, Пранита Вангала, Бенджамин Дж. Чен, Пол Меранер, Абрахам Л. Брасс, Мануэль Гарбер, Кеннет Л. Рок

    Источник: Журнал иммунологии (Балтимор, Мэриленд: 1950)

  • Разнообразный репертуар подтипов адипоцитов человека развивается из транскрипционно различных мезенхимальных клеток-предшественников.

    3 сентября 2019 г., вторник

    Авторы): Со Юн Мин, Ананд Десаи, Зингер Янг, Агастья Шарма, Тиффани ДеСуза, Райан Дженга, Альпер Кучукурал, Лоуренс М.Лифшиц, Сорен Нильсен, Камилла Шееле, Рене Мэр, Мануэль Гарбер, Сильвия Корвера

    Источник: Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки; Copyright © 2019 Автор(ы). Опубликовано ПНАС. Эта статья в открытом доступе распространяется под лицензией Creative Commons Attri…

  • Компоненты пути процессинга и презентации антигена HLA класса II, продемонстрированные транскриптомным и белковым анализом островковых бета-клеток доноров с диабетом 1 типа

    Среда, 1 мая 2019 г.

    Авторы): Марк А.Рассел, Самбра Д. Редик, Дэвид Блоджетт, Дженни Ориэль Б. Бабон, Чаосин Янг, Салли С. Кент, Алан Г. Дерр, Альпер Кукукурал, Мануэль Гарбер, Дэвид М. Харлан

    Источник: Диабет

  • DEBrowser: интерактивный инструмент дифференциального анализа и визуализации данных подсчета

    Суббота, 5 января 2019 г.

    Авторы): Альпер Кучукурал, Онур Юкселен, Дениз М.Озата, Мелисса Дж. Мур, Мануэль Гарбер

    Источник: геномика ВМС; © Автор(ы). 2019. Открытый доступ: эта статья распространяется на условиях международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/…

    ).
  • Межхромосомные концентраторы более высокого порядка формируют трехмерную организацию генома в ядре

    4 июня 2018 г., понедельник

    Авторы): София А. Кинодоз, Барбара Табак, Патрик МакДонел, Мануэль Гарбер, Митчелл Гуттман

    Источник: Сотовый

  • Сравнительный анализ иммунных клеток выявил консервативный регуляторный лексикон

    Среда, 28 марта 2018 г.

    Авторы): Элиза Доннард, Пранита Вангала, Шакед Афик, Шон М.Макколи, Анетта Новосельска, Альпер Кучукурал, Барбара Табак, Сяопэн Чжу, Уильям Э. Дил, Патрик МакДонел, Нир Йосеф, Джереми Лубан, Мануэль Гар…

    Источник: Клеточные системы

  • ВИЧ-1 разоблачает пластичность врожденных лимфоидных клеток [препринт]

    Четверг, 04 января 2018 г.

    Авторы): Йетао Ван, Кайл Геллатли, Алан Дж.Дерр, Смита Джайсвал, Альпер Кукукурал, Патрик МакДонел, Томас С. Гриноу, ДжинМари Хоутон, Мануэль Гарбер, Джереми Любан

    Источник: биоРксив; Правообладателем этого препринта (который не прошел рецензирование) является автор/спонсор. Он доступен под международной лицензией CC-BY-NC-ND 4.0.

  • Раннее геномное разнообразие вируса Эпштейна-Барра и конвергенция с геномом B95.8 при первичной инфекции

    Вторник, 2 января 2018 г.

    Авторы): Эрик Р.Вайс, Сюзанна Л. Ламерс, Дженнифер Л. Хендерсон, Александр Мельников, Мохан Сомасундаран, Мануэль Гарбер, Лииса К. Селин, Чад Нусбаум, Кэтрин Лузуриага

    Источник: Журнал вирусологии; Copyright © 2018, Американское общество микробиологии. Издательский PDF-файл, размещенный в соответствии с политикой авторских прав издателя на http://journals.asm.org/site/misc/ASM_Author_State…

  • Транскриптомный анализ роли модификаций тРНК в регуляции трансляции

    Четверг, 7 декабря 2017 г.

    Авторы): Син-Юнг Чоу, Элиза Доннард, Х.Тобиас Густафссон, Мануэль Гарбер, Оливер Дж. Рандо

    Источник: Молекулярная ячейка

  • GUIDEseq: пакет биопроводников для анализа наборов данных GUIDE-Seq для нуклеаз CRISPR-Cas.

    Понедельник, 15 мая 2017 г.

    Авторы): Лихуа Джули Чжу, Майкл Лоуренс, Анкит Гупта, Эрве Пейджес, Альпер Кукукурал, Мануэль Гарбер, Скот А. Вульф

    Источник: геномика ВМС; Copyright © Автор(ы). 2017.

  • Определение ландшафта 5 и 3 транскриптома дрозофилы с помощью Exo-seq и RNaseH-seq

    Среда, 22 февраля 2017 г.

    Авторы): Шакед Афик, Оснат Барток, Максим Н.Артёмов, Александр А. Шишкин, Сабах Кадри, Мор Ханан, Сяопэн Чжу, Мануэль Гарбер, Себастьян Каденер

    Источник: исследование нуклеиновых кислот; © Автор(ы), 2017. Опубликовано Oxford University Press от имени Nucleic Acids Research.

  • Высокая вирусная нагрузка Эпштейна-Барра и геномное разнообразие связаны с образованием gp350-специфических нейтрализующих антител после острого инфекционного мононуклеоза

    Пятница, 16 декабря 2016 г.

    Авторы): Эрик Р.Вайс, Галит Альтер, Хавьер Гордон Огембо, Дженнифер Л. Хендерсон, Барбара Табак, Ясин Бакис, Мохан Сомасундаран, Мануэль Гарбер, Лииса К. Селин, Кэтрин Лузуриага

    Источник: Журнал вирусологии; Авторское право © 2016, Американское общество микробиологии. Издательский PDF-файл, размещенный в соответствии с политикой авторских прав издателя на http://journals.asm.org/site/misc/ASM_Author_State…

  • Гликопротеин вируса Эбола с повышенной инфекционностью доминировал в эпидемии 2013-2016 гг.

    Четверг, 3 ноября 2016 г.

    Авторы): Уильям Э.Дил, Кьюсик Ким, Пья Пхьо Кьяве, Шон М. Макколи, Элиза Доннард, Альпер Кукукурал, Патрик Э. Макдонел, Мануэль Гарбер, Джереми Любан

    Источник: Сотовый

  • Набор инструментов для анализа конечных последовательностей (ESAT) расширяет извлекаемую информацию из данных секвенирования РНК одной клетки.

    Суббота, 1 октября 2016 г.

    Авторы): Алан Г.Дерр, Чаосин Янг, Раполас Зилионис, Алексей Сергушичев, Дэвид Блоджетт, Самбра Д. Редик, Рита Бортелл, Джереми Лубан, Дэвид М. Харлан, Себастьян Каденер, Дейл Л. Грейнер, Аллон Кляйн, Макси…

    Источник: исследование генома; © 2016 Дерр и др. Эта статья, опубликованная в журнале Genome Research, доступна по адресу Лицензия Creative Commons (Атрибуция 4.0 Международный), как описано в http://creativecommons.or…

  • Эволюционный анализ млекопитающих выявляет различные классы длинных некодирующих РНК.

    Вторник, 2 февраля 2016 г.

    Авторы): Дженни Чен, Александр А.Шишкин, Сяопэн Чжу, Сабах Кадри, Итай Маза, Митчелл Гуттман, Джейкоб Х. Ханна, Авив Регев, Мануэль Гарбер

    Источник: биология генома; Открытый доступ. Эта статья распространяется на условиях международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), что позволяет не…

  • Биогенез и функция фрагментов тРНК при созревании сперматозоидов и оплодотворении у млекопитающих

    Пятница, 22 января 2016 г.

    Авторы): Упасна Шарма, Колин С.Конин, Джереми Ши, Ана Боскович, Алан Дж. Дерр, Синь Ю. Бинг, Клеменс Беллини, Альпер Кукукурал, Райан В. Серра, Фэньюн Сун, Лина Сонг, Бенджамин Р. Кароне, Эмилиано П. Риччи…

    Источник: Science (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк)

  • Генетическая и эпигенетическая изменчивость, но не диета, формируют метилом сперматозоидов

    Понедельник, 21 декабря 2015 г.

    Авторы): Джереми Ши, Райан В. Серра, Бенджамин Р. Кароне, Хеннадий П. Шульха, Альпер Кукукурал, Майкл Зиллер, Маркус Валластер, Хунцан Гу, Эндрю Р. Таппер, Пол Д. Гарднер, Александр Мейснер, Мануэль Гарбер,…

    Источник: Развивающая ячейка

  • Слияние ДНК-связывающих доменов увеличивает диапазон нацеливания и точность Cas9

    Вторник, 1 декабря 2015 г.

    Авторы): Мехмет Фатих Болукбаси, Анкит Гупта, Сара Ойкемус, Алан Дж.Дерр, Мануэль Гарбер, Майкл Х. Бродский, Лихуа Джули Чжу, Скот А. Вулф

    Источник: Природные методы

  • Эволюционный анализ млекопитающих выявляет различные классы длинных некодирующих РНК [препринт]

    Среда, 11 ноября 2015 г.

    Авторы): Дженни Чен, Александр А.Шишкин, Сяопэн Чжу, Сабах Кадри, Итай Маза, Джейкоб Х. Ханна, Авив Регев, Мануэль Гарбер

    Источник: биоРксив; Правообладателем этого препринта (который не прошел рецензирование) является автор/спонсор. Он доступен под международной лицензией CC-BY-NC 4.0.

  • Новые наблюдения в результате секвенирования РНК нового поколения высокоочищенных субпопуляций островковых клеток взрослого человека и плода

    Вторник, 1 сентября 2015 г.

    Авторы): Дэвид М. Блоджетт, Анетта Новосельска, Шакед Афик, Сюзанна Печхолд, Энтони Дж. Кура, Норман Дж. Кеннеди, Соён Ким, Альпер Кукукурал, Роджер Дж. Дэвис, Салли К. Кент, Дейл Л. Грейнер, Мануэль Гарбер, Д…

    Источник: Диабет

  • Функциональная аннотация нативных энхансеров со слиянием Cas9-гистондеметилазы

    Пятница, 1 мая 2015 г.

    Авторы): Никола А.Кернс, Ханна Фам, Барбара Табак, Райан М.Дж. Дженга, Ноа Дж. Сильверстайн, Мануэль Гарбер, Рене Мэр

    Источник: Природные методы

  • Одновременное создание множества библиотек RNA-seq в одной реакции

    Среда, 1 апреля 2015 г.

    Авторы): Александр А.Шишкин, Джорджия Яннукос, Альпер Кучукурал, Дон Сиулла, Мишель Басби, Кристин Сурка, Дженни Чен, Роби П. Бхаттачария, Роберт Ф. Руди, Милеш М. Патель, Натаниэль Новод, Дебора Т….

    Источник: Природные методы

  • Петля отрицательной обратной связи факторов транскрипции определяет альтернативные состояния хроматина дендритных клеток.

    Четверг, 18 декабря 2014 г.

    Авторы): Чамуталь Борнштейн, Дебора Винтер, Зохар Барнетт-Ицхаки, Эяль Давид, Сабах Кадри, Мануэль Гарбер, Идо Амит

    Источник: Молекулярная ячейка

  • Резервуары провируса ВИЧ типа 1 (ВИЧ-1) постоянно распадаются под постоянным вирусологическим контролем у ВИЧ-инфицированных детей, получивших раннее лечение

    Суббота, 15 ноября 2014 г.

    Авторы): Кэтрин Лузуриага, Барбара Табак, Мануэль Гарбер, Я Хуэй Чен, Кэрри Зимняк, Маргарет М.Макманус, Даниэль Мюррей, Мэтью Стрейн, Дуглас Ричман, Тэ-Вук Чун, Колин К. Каннингэм, Дебора Пер…

    Источник: Журнал инфекционных болезней

  • Гормональная ось PPAR-альфа-FGF21 способствует регуляции метаболизма посредством печеночного сигнального пути JNK.

    Вторник, 2 сентября 2014 г.

    Авторы): Сантьяго Верния, Джули Кавана, Луиза Гарсия-Аро, Гваделупе Сабио, Тамера Барретт, Дэ Янг Юнг, Джейсон К. Ким, Цзя Сюй, Хеннадий П. Шулха, Мануэль Гарбер, Гуанпин Гао, Роджер Дж. Дэвис

    Источник: Метаболизм клеток

  • Генетическая изменчивость латентного мембранного белка 1 вируса Эпштейна-Барр в В-клетках периферической крови и ротоглоточной жидкости

    Вторник, 1 апреля 2014 г.

    Авторы): Николас Ренцетт, Мохан Сомасундаран, Фрэнк Э.Брюстер, Джеймс Кодерре, Эрик Р. Вайс, Маргарет М. МакМанус, Томас С. Гриноу, Барбара Табак, Мануэль Гарбер, Тимоти Ф. Ковалик, Кэтрин Руис Де Лу. ..

    Источник: Журнал вирусологии; PDF-файл издателя, размещенный в соответствии с политикой авторских прав издателя по адресу http://journals.asm.org/site/misc/ASM_Author_Statement.xhtml.

  • Эволюционная динамика и тканевая специфичность длинных некодирующих РНК человека у шести млекопитающих

    Вторник, 1 апреля 2014 г.

    Авторы): Стефан Вашитл, Манолис Келлис, Мануэль Гарбер

    Источник: исследование генома; Copyright 2014 Washietl et al. ; Опубликовано издательством Cold Spring Harbour Laboratory Press. Эта статья распространяется исключительно издательством Cold Spring Harbour Laboratory Press в течение первых шести месяцев…

  • Эффектор-опосредованная Cas9 регуляция транскрипции и дифференцировки в плюрипотентных стволовых клетках человека

    Среда, 1 января 2014 г.

    Авторы): Никола А.Кернс, Райан М.Дж. Дженга, Метево Селасе Энуаме, Мануэль Гарбер, Скот А. Вулф, Рене Мэр

    Источник: Девелопмент (Кембридж, Англия)

  • Полногеномная оценка посттранскрипционного контроля в мозгу мух

    Понедельник, 9 декабря 2013 г.

    Авторы): Шауль Мезан, Реут Ашвал-Фласс, Ром Шенхав, Мануэль Гарбер, Себастьян Каденер

    Источник: Границы молекулярной нейробиологии; Copyright 2013 Мезан, Ашвал-Флусс, Шенхав, Гарбер и Каденер.Это статья с открытым доступом, распространяемая на условиях лицензии Creative Commons Attribution Lic…

    .
  • Секвенирование ДНК состояний модификации гистонов на основе полупроводников

    Пятница, 25 октября 2013 г.

    Авторы): Кристин С. Ченг, Мануэль Гарбер, Линда Чин, Авив Регев, Идо Амит

    Источник: Связь с природой

  • Экспрессия генов циклична: факторы деградации мРНК также способствуют синтезу мРНК.

    Четверг, 23 мая 2013 г.

    Авторы): Галь Хаймович, Дэниел А.Медина, Себастьен З. Кос, Мануэль Гарбер, Гонсало Миллан-Замбрано, Орен Баркаи, Себастьян Чавес, Хосе Э. Перес-Ортин, Ксавье Дарзак, Мордехай Шодер

    Источник: Сотовый

  • Ядро биоинформатики и лаборатория Гарбера

    Четверг, 29 ноября 2012 г.

    Авторы): Мануэль Гарбер

    Источник: Центр клинических и трансляционных научных семинаров UMass; Авторское право автора(ов)

  • Подход к высокопроизводительной иммунопреципитации хроматина раскрывает принципы динамической регуляции генов у млекопитающих.

    Пятница, 14 сентября 2012 г.

    Авторы): Мануэль Гарбер, Идо Амит

    Источник: Молекулярная ячейка

  • Расширение пространства последовательностей обусловлено появлением новых сигнальных путей

    Abstract

    В этом отчете представлены мультигеномные доказательства того, что расширение пространства последовательностей происходит, когда появляются пути с несовместимыми функциями. Предполагается, что по мере того, как пути развиваются в пространстве последовательностей сильно паралогичных сигнальных систем, они изолируются от нежелательных взаимодействий и могут расширяться в новое пространство последовательностей. Чтобы доказать, что расширение пространства последовательностей обусловлено изоляцией путей от возникающих путей, мы разрабатываем всеобъемлющий, целостный (целые геномы) конвейер обнаружения новых путей. Целостный конвейер, который использует t-распределенные стохастические алгоритмы встраивания соседей и филогению для картирования существующего пространства последовательностей тысяч бактериальных двухкомпонентных систем, раскрывает новый сигнальный путь, возникающий в результате замены домена.Используя скрининг функциональной геномики в нашей модельной системе Pseudomonas putida KT2440, мы предоставляем эмпирические доказательства того, что потомки функционально несогласованного пути замены домена и его ближайшие соседи в пространстве последовательностей являются паралогичными. Мы пришли к выводу, что появление этого нового пути потребовало изоляции пути и привело к расширению пространства последовательностей.

    Введение

    Sequence-space — это теоретическая конструкция, в которой сходные белки разделяются на кластеры на основе их аминокислотных последовательностей (Starr et al.2017; Макклюн и Лауб, 2020). Концепция пространства последовательностей ранее использовалась для объяснения эволюции очень паралогичных путей передачи сигналов, таких как двухкомпонентные системы (TCS) (Capra and Laub 2012). Предыдущие эмпирические исследования показали, что гистидинкиназы (HK) и регуляторы ответа (RR) обладают коэволюционной специфичностью между родственными парами (Capra et al. 2010; Capra et al. 2012; McClune et al. 2019; McClune and Laub 2020). Из этих исследований мы можем предположить, что древние TCS конкурировали в пространстве последовательностей, чтобы изолировать свои взаимодействия от нежелательных перекрестных помех.Однако расширение пространства последовательностей как жизненно важный способ изоляции новых путей никогда не демонстрировалось. Чтобы проверить, может ли появление новых сигнальных путей способствовать расширению пространства последовательностей, нам нужно было создать фактическое пространство последовательностей существующих TCS. Это потребовало комплексной целостной оценки филогенетических отношений между существующими TCS в бактериальной кладе.

    Оценка филогенетических отношений между существующими TCS является сложной задачей из-за их значительной избыточности в геномах (Capra and Laub 2012).Различное количество TCS в геномах отражает адаптацию вида к нише (Alm et al. 2006; Ashby and Houmard 2006), а не таксономическую классификацию вида (Koretke et al. 2000). Семейства TCS (Galperin 2010), которые определяются доменной архитектурой RR (рис. 1a,b), в настоящее время являются лучшим инструментом для классификации TCS. Эта классификация, однако, не принимает во внимание филогению TCS или пространство последовательностей. Наш целостный конвейер сочетает филогенетический анализ и анализ в пространстве последовательностей с классификацией по семействам TCS (рис. С1). Мы используем этот конвейер для выявления аномальных кластеров, которые представляют собой события обмена доменами.

    Рисунок 1: Обнаружение и влияние обменов доменов в двухкомпонентных системах пространство-последовательность:

    (A) Canonical TCS имеют входные сигналы, которые активируют гистидинкиназы (HK) и регуляторы ответа (RR) для координации некоторого выходного ответа. Расширенное представление HK и RR раскрывает их модульность. (B) Соответствующие семейства RR, обозначенные их доменной архитектурой эффекторных доменов транскрипции (TED), аннотированы их TED и семейством.(C) Новые пути, возникающие при обмене доменами, взаимодействуют с их ближайшими родственниками. Со временем эти пути станут изолированными друг от друга, чтобы избежать перекрестных помех. (D) Теоретическая модель расширения пространства последовательностей, обусловленная появлением нового сигнального пути. (E, F) Пространство последовательностей двухкомпонентных систем с помощью t-распределенного стохастического встраивания соседей (t-SNE) приемных доменов для тысяч регуляторов ответа, идентифицированных из бактерий и протеобактерий. Аминокислотные последовательности выровнены, численно закодированы (горячее кодирование) и сгруппированы по tSNE.Полученная двухмерная визуализация белковых последовательностей аннотируется архитектурой домена (справа) или таксономией (слева). Красный кластер, который представляет семейство TCS NtrC, всегда содержит небольшой синий кластер (семейство NarL). Этот аномальный кластер является кластером подкачки доменов. На левых панелях розовым цветом выделены геномы, имеющие отношение к данному исследованию, протеобактерий и гаммапротеобактерий. Мы отмечаем, что в кластере обмена доменами преобладают протеобактерии, хотя присутствуют и другие типы.

    Обмен доменами предоставляет микробам быстрый инструмент для неофункционализации их существующего репертуара сигнальных систем (Pao and Saier 1995; Alm et al. 2006; Forslund et al. 2019). При замене домена TCS событие геномной рекомбинации может заменить транскрипционный эффекторный домен (TED) RR (Pao and Saier 1995; Alm et al. 2006; Forslund et al. 2019), эффективно перестраивая нижестоящую регуляцию. Обмен доменами создает паралогические наборы TCS, которые не попадают в одно и то же семейство TCS (Galperin 2010).Обмен доменами TED важен в физиологическом контексте, потому что они потенциально могут перепрограммировать клеточный ответ на обнаруживаемый восходящий сигнал. Когда происходит замена домена TED, в пространстве последовательностей TCS появляется новый путь с новой функцией (рис. 1c, d).

    Чтобы идентифицировать недавно появившиеся пути, мы использовали наш целостный конвейер для обнаружения аномальных событий кластеризации в пространстве последовательностей TCS. Целостный конвейер исследует многомерный ландшафт эволюции TCS, в котором пространство последовательностей и филогения представляют собой кластеризацию более 2000 TCS, обнаруженных у различных видов по всему бактериальному дереву жизни.Известные семейства TCS (например, OmpR, NarL, NtrC) разделяются на кластеры (рис. 1d), что позволяет нам определить аномальные события кластеризации, которые являются результатом замены домена, как недавно появившиеся пути. Однако присутствия аномального кластера в пространстве последовательностей недостаточно для поддержки гипотезы о том, что расширение пространства последовательностей, необходимое для изоляции, также произошло. Необходимы эмпирические доказательства, чтобы связать эти аномальные скопления с их ближайшими родственниками, но такие экспериментальные доказательства до сих пор отсутствовали.Используя эксперименты по функциональной характеристике, руководствуясь эволюционными гипотезами из нашего целостного пайплайна, мы демонстрируем, что предсказанный новый путь функционально и биохимически связан со своим родительским путем. В частности, мы определили, что набор паралогичных TCS, идентифицированных в аномальном кластере, участвует в регуляции потребления критических источников углерода со сходной химической структурой, а также биохимически связан. Наши результаты убедительно подтверждают давнюю теорию эволюции TCS, в которой расширение пространства последовательностей обусловлено недавно появившимися путями, развивающимися в направлении изоляции и против перекрестных помех.

    Результаты

    Целостный поток полных геномов учитывает выравнивание и эволюцию консервативных доменов RR (REC) от дивергирующих видов (рис. S1). Он отличается от предыдущих филогенетических описаний TCS (Pao and Saier 1995; Chen et al. 2004), потому что мы рассматриваем TCS из геномов, представляющих ландшафт TCS всего бактериального древа жизни. Для этого мы собрали и выровняли аминокислотные последовательности 2178 RR (домены REC) из разнообразного набора из 64 видов по всей кладе бактерий (см. Внешние базы данных 1, 2) и применили филогенетический или машинный анализ кластеризации (рис. 1e). ,f, рис.С2). Каждая точка в вычисленном пространстве последовательностей представляет уникальный RR. Ориентация RR в пространстве последовательностей указывает на основанную на последовательности связь с другими RR в пространстве последовательностей. Кластеризация в нашем рассчитанном пространстве последовательностей подтверждает, что двухкомпонентные системы из разных таксонов не разделяются по кладам видов, а вместо этого группируются по доменной архитектуре (Pao and Saier 1995). Смена домена, обозначенная аномальной кластеризацией, наблюдается в NtrC-подобном кластере (красный) пространства последовательности REC и дерева.Здесь обнаружены NarL-подобные RR (синие). Интересно, что аномальный кластер в бактериальном пространстве последовательностей состоял в основном из TCS из Proteobacteria. Когда мы повторили наш целостный конвейер с 1065 RR от 22 репрезентативных видов Proteobacteria (см. Внешнюю базу данных 3, 4), мы наблюдали результат, согласующийся с бактериальной филогении TCS и пространством последовательностей.

    Ориентация аномального кластера с пространством последовательностей TCS как для бактерий, так и для протеобактерий, подразумевающая расширение пространства последовательностей, была вызвана появлением нового сигнального пути.Чтобы подтвердить эту гипотезу, нам нужно было проверить связь между вновь возникшим путем и его ближайшими родственниками. Мы предположили, что отношения, наблюдаемые в филогенетическом пространстве и пространстве последовательностей RR, могут позволить нам сузить экспериментальное тестовое пространство для функциональной характеристики. Для этого мы сосредоточились на TCS от псевдомонад (рис. S3a, см. внешние базы данных 5, 6), которые содержат обмен доменами у существующих видов.

    Чтобы идентифицировать ближайших родственников недавно появившегося пути внутри псевдомонад, мы применили второй вычислительный конвейер (рис.С3б). Мы идентифицировали все RR в пяти репрезентативных псевдомонадах, разделив их по их эффекторным доменам, рассматривая только RR с транскрипционными эффекторными доменами (TED) (таблица S1). Наблюдаемая кластеризация в кластере обмена доменами показала, что NarL-подобные RR не связаны с их ожидаемым семейством TCS, NarL/FixJ RR, а вместо этого произошли от NtrC-подобных RR. Мы наблюдали аналогичную тенденцию с коэволюционным деревом DHp-CA (HisKA-HATPase_C). Листья кластера дерева DHp-CA по доменной архитектуре родственных им RR (рис. 2), включая кластер с переключением доменов.Этот результат указывает на то, что родственные HK для NarL-подобных RR в кластере с переключением доменов не связаны с родственными HK для регуляторов NarL/FixJ, таких как NarP (NarQ)/FixL.

    Рисунок 2: Филогенетические деревья доменов REC (слева) и DHp-CA (справа) RR и HK от избранных псевдомонад.

    Деревья аннотированы видами и эффекторным доменом транскрипции (TED) на листьях. Гибридные HK в дереве DHp-CA выделены серым цветом и, в частности, связаны с TCS, имеющими TED GerE.Обмен доменами, находящийся в центре внимания этой работы, выделен черным цветом. Крупный план кластера обмена доменами для деревьев доменов REC (слева) и DHp-CA (справа), аннотированных названием белка и/или TED. Линии нарисованы для предсказанных родственных пар HK-RR.

    Нам было интересно понять функциональную взаимосвязь между членами кластера с переключением доменов. Внутри переставленного кластера (рис. 2) есть четыре подкластера, три из которых содержат домены AAA + (NtrC-подобный/зависимый от sigma54) и один, который содержит домен GerE (NarL-подобный/зависимый от sigma70).Поскольку обмен доменами происходит внутри NtrC-подобного кластера, мы предположили, что сигнальные каскады участвуют в поглощении питательных веществ из источников углерода или азота (Cases et al. 2003). Кроме того, представители NtrC внутри переставленного кластера ранее характеризовались как регуляторы метаболизма аминокислот или дикарбоновых кислот (Cases et al. 2003; Sonawane et al. 2006; Lundgren et al. 2014; Tatke et al. 2015). Функции NarL-подобных представителей были неизвестны. Мы предположили, что их филогенетические отношения указывают на функциональное сходство (восприятие сигналов) и могут позволить нам стратегически нацелиться на функции неизвестных TCS в кластере.

    Чтобы определить цис-регуляторные сайты связывания, мы применили автоматизированный конвейер аффинной очистки ДНК с секвенированием следующего поколения (DAP-seq) (Garber et al. 2018; Rajeev et al. 2020) (рис. S4a), чтобы все подмножество RR в замененном кластере. Мы обнаружили высокообогащенные мишени связывания ДНК для всех NtrC-подобных RR (рис. S4b, внешние базы данных 7,8). При выравнивании высокообогащенных мишеней из NtrC-подобных RR мы вручную назначали мотивы связывания гомологам и запрашивали каждый геном на наличие дополнительных мишеней связывания ДНК (рис. S4b, таблица S2). Мы смогли найти геномные мишени для NarL-подобных RR только из P. fluorescens FW300-N2C3 (рис. S4b, внешние базы данных 7,8), поэтому у нас не было подходящих данных для идентификации мотивов связывания или консервативных генетических продуктов для все NarL-подобные RR.

    Рисунок 3: Функциональная геномика для определения входных сигнальных и выходных генов:

    (A) Тепловая карта данных о пригодности для кластеров генов TCS в кластере с замененным доменом. Повторяющиеся строки указывают на уникальные фитнес-эксперименты, проведенные с одним и тем же условием отбора.Низкий показатель приспособленности (приспособленность <-2) указывает на то, что ген может иметь эссенциальность, специфичную для состояния. Предсказанные промоторы-мишени представлены прямоугольником под нижестоящими генами, черная заливка указывает промоторы с мотивами, идентифицированными DAP-seq. (B) Репортерные плазмиды GFP на фоне WT и ΔRR выращивали в минимальной среде с глюкозой без (-) или со вторым источником углерода: глутаминовой, α-кетоглутаровой или масляной кислотами. Флуоресценцию измеряли с помощью проточной цитометрии, и результаты измерений представляли как среднее значение GFP x 10 3 после гейтирования.Статистическую значимость между состояниями определяли с помощью t-критерия (* = p-значение <0,05, ns = не значимо). Центральная линия, медиана; пределы ящика, верхний и нижний квартили; усы, 1,5-кратный межквартильный размах; точки с черными ромбами, выбросы; n = 3. (C) Резюме результатов исследований функциональной геномики. Взаимосвязь TCS P. putida показана в виде сокращенного филогенетического дерева слева, а результаты, семейство RR, подтвержденный сигнал, химическая структура сигнала, подтвержденные регулируемые гены, мотив ортогонального связывания, идентифицированный с помощью DAP-seq, нарисованы как стол справа.Если результаты не были подтверждены репортерным анализом, результаты отображаются серым цветом.

    Чтобы определить сигналы для кластера, мы использовали библиотеки пригодности транспозонов со случайным штрих-кодом, RB-TnSeq (Wetmore et al. 2015) P. putida KT2440, выращенных в условиях отбора с одним источником углерода. Мы заметили, что кластеры генов, содержащие интересующие TCS, имели низкие показатели пригодности для роста с глутаминовой, янтарной, α-кетоглутаровой или масляной кислотами (рис. 3а).Мы предположили, что гены и соответствующие им TCS с синонимичными значениями приспособленности представляют собой сигнальный каскад, в котором сигналом является источник углерода. Мы предположили, что NtrC-подобные RR, PP_1066, PP_0263 и PP_1401 регулируются глутаминовой (Sonawane et al. 2006), янтарной и α-кетоглутаровой кислотами (Lundgren et al. 2014; Tatke et al. 2015) соответственно. Мы также предположили, что NarL-подобный RR, PP_3551, регулируется масляной кислотой. Мы не смогли идентифицировать сайты связывания или мотив связывания ДНК для PP_3551 и полагались на кластер генов и данные о пригодности, чтобы выдвинуть гипотезу о выходе TCS, чувствительного к масляной кислоте.Соседний ген PP_3553 продемонстрировал низкую оценку приспособленности, соответствующую TCS, что делает его хорошим кандидатом на выход сигнального каскада. Чтобы подтвердить наши прогнозы в отношении сигналов и выходных генов, мы создали репортерные штаммы GFP. Репортерные штаммы P. putida KT2440 реагировали на предложенные сигналы повышенной флуоресценцией по сравнению с фоном. Когда репортерные штаммы стимулировали в генетическом фоне без соответствующего транскрипционного RR, реакция флуоресценции исчезала (рис. 3b).

    Наши экспериментальные результаты подтверждают гипотезу о том, что члены кластера с перестановкой доменов функционально схожи и воспринимают органические соединения со сходной структурой. Все сигналы для TCS в кластере представляют собой короткоцепочечные карбоновые кислоты (рис. 3c). Мы предполагаем, что эти TCS регулируют либо гены поглощения карбоновых кислот, либо метаболические гены, участвующие в цикле TCA или бета-окислении. Сигнал для промотора HK-RR (PP_3552-PP_3551-pPP_3553) был неизвестен до этого исследования. Поэтому мы переименовываем родственные TCS с паралогами REC, TCS, реагирующие на карбоновую кислоту, CarSR I, II, III, IV (PP_0263, PP_1066, PP_1401, PP_3551).

    Несмотря на свою способность воспринимать молекулы с химическим сходством, современные CarSR воспринимают широкий спектр сигналов. Поэтому мы предлагаем наследственную модель для объяснения этого наблюдения. В нашей модели (рис. 4а) общие предки CarSR (i) имели неразборчивые сенсоры, обнаруживающие различные карбоновые кислоты; (ii) с готовностью вступали в перекрёстные разговоры друг с другом; и (iii) регулируемые неразборчивые ферменты (Huberts and van der Klei 2010), которые могут действовать на спектр субстратов карбоновых кислот.

    Рисунок 4: Ковариантные замены остатков изменяют специфичность REC TCS, чувствительных к масляной кислоте:

    (A) Модель, в которой гипотетические беспорядочные предки кластера с замененным доменом эволюционировали, чтобы стать современными специалистами.(B) Выравнивание последовательностей доменов REC нативных RR PP_1066 (CarR II: RR II ), PP_3551 (CarR IV: RR II ) и мутантных RR II *, RR IV *. Остатки с высокими показателями ковариации > 1,1 отмечены серым фоном и красным текстом для остатков, полученных из RR g , или синим текстом для остатков, полученных из RR IV . Структурная информация для домена REC показана под последовательностями, где стрелки представляют собой β-листы, а ленты представляют собой α-спирали. (C) RR II , управляющий промотором, чувствительным к глутаминовой кислоте (pRR II ), меняет свою специфичность на чувствительный к масляной кислоте при мутации в RR II *.Реакция снижается в отсутствие HK IV . Центральная линия, медиана; пределы ящика, верхний и нижний квартили; усы, 1,5-кратный межквартильный размах; точки с черными ромбами, выбросы; n = 6,

    Чтобы продемонстрировать наследственную модель, мы перевели TCS в псевдонаследственное состояние (рис. 4b, c). Мы использовали ковариационный анализ для выявления коварных остатков между доменами DHp-CA и REC (рис. S4). Первая альфа-спираль домена REC, ранее показанная как имеющая общие точки контакта с доменом DHp (Skerker et al. 2008), содержал остатки с наивысшим баллом. Мы применили сайт-направленный мутагенез, заменяя остатки домена REC CarR II (RR II ) с наивысшей оценкой (RR II ) и CarR IV (RR IV ) и проверили активность с помощью анализа комплементации (рис. 4b, рис. S6-7). . Мутантные RR (обозначенные *) продемонстрировали поведение, подобное их нативным аналогам. RR II *-pRR II , подобный RR IV -pRR IV , значительно реагировал на масляную кислоту только тогда, когда присутствовал родственный гистидин, HK IV .Эти результаты показывают, насколько жизнеспособна гипотеза промискуитета и как постепенные изменения в остатках, определяющих специфичность, могут быть ответственны за специализацию, наблюдаемую у современных гомологов CarSR.

    Согласно альтернативной гипотезе, CarSR IV — NarL-подобные составляющие кластера CarSR — могли возникнуть в результате горизонтального переноса генов (HGT) вместо замены домена. Хотя гомологи CarSR преимущественно встречаются у протеобактерий, другие типы, такие как планктомицеты и ацидобактерии, содержат гомологи (рис.С2, С8). Рассматривая только консервативные домены гомологов CarSR II и CarSR IV, мы смогли продемонстрировать, что CarSR IV, вероятно, произошел от альфапротеобактерий (рис. S9). Мы предполагаем, что гомологи, наблюдаемые в других типах, произошли от HGT. Учитывая кластерную конфигурацию внутри Proteobacteria TCS (рис. 1, рис. S2), замена домена, а не HGT, является наиболее вероятным объяснением происхождения CarSR IV.

    Еще одним важным фактором при оценке эволюции TCS является доменная архитектура HK.CarS I-IV в P. putida KT2440 имеют отличающуюся архитектуру восходящего домена. CarS I-III трансмембранно связаны с доменом dCache_1, тогда как CarS IV является цитозольным с доменом PAS. Учитывая это несоответствие, мы предположили, что наблюдаемая архитектура домена связана с потерей домена, когда общий предок содержал как периплазматический домен dCache_1, так и цитозольный домен PAS. Мы обнаружили, что гомологи CarSR с обоими чувствительными доменами существуют в природе (рис. S10a). В соответствии с нашей гипотезой о происхождении CarSR, двухдоменные гомологи CarSR обнаруживаются в основном у протеобактерий (рис.S10б,в).

    Обсуждение

    Сильно паралогичные сигнальные пути, такие как бактериальные двухкомпонентные системы, изолируются друг от друга по мере их эволюции (Capra and Laub 2012). В этом исследовании мы показали, что замены доменов, которые могут быстро изменить эффекторную функцию сигнальных систем, могут управлять изоляцией посредством расширения пространства последовательностей. Мы разработали целостный конвейер для картирования многомерного ландшафта TCS по всей бактериальной кладе и обнаружили недавно появившиеся сигнальные пути, которые были результатом замены домена (рис. 1).Картированию пространства последовательностей TCS существующих видов способствовало огромное количество доступных данных секвенирования и обилие расходящихся TCS в отдельных геномах (Гальперин, 2005; Гумеров и др. , 2020). Во многих других исследованиях используется глубокое мутационное сканирование (Starr et al. 2017; McClune et al. 2019; Repecka et al. 2021) для создания пригодных для скрининга библиотек, которые охватывают разнообразие последовательностей, которое мы наблюдаем для существующих TCS. Одно из таких исследований показало, что TCS из Escherichia coli редко распределяются в пространстве последовательностей, что позволяет создавать бесчисленные комбинации последовательностей для инженерии ортогональных путей (McClune et al.2019). Хотя мы заметили, что бактериальное пространство последовательностей TCS распределено плотно (рис. 1e), мы обнаружили, что пространство последовательностей для более низких таксономических уровней гораздо более разрежено (рис. 1f, рис. S3). Когда мы перешли на уровень родов Pseudomonads (рис. S3), кластеры были настолько разделены в пространстве последовательностей, что мы можем провести параллель с выводами из исследования E. coli . В частности, бактериальные штаммы обладают способностью эволюционировать в новое незанятое пространство последовательностей и генерировать ортогональные пути. Теперь мы можем утверждать, что отдельные штаммы могут запускать свой потенциал для расширения в новое пространство последовательностей, когда появляются новые, несогласованные пути.

    Мы использовали эволюционные гипотезы из нашего пайплайна, чтобы функционально охарактеризовать членов вновь появившегося пути наряду с его ближайшими родственниками. Мы обнаружили, что недавно возникший путь биохимически связан со своими ближайшими соседями в пространстве последовательностей и что обнаруженные сигналы имеют сходную химическую структуру. Поэтому мы предполагаем, что когда этот новый путь возник в результате замены доменов, полученные паралоги были функционально несовместимы и конкурировали за пространство последовательностей (рис. 1c, d).Наше исследование поддерживает более общую теорию о том, что расширение пространства последовательностей обусловлено появлением новых сигнальных систем, чтобы избежать перекрестных помех между паралогичными родственниками.

    В случае CarSR расширение пространства последовательностей было вызвано появлением нового сигнального пути с новой эффекторной функцией. Наши вычислительные и эмпирические результаты сообщают о рабочей модели появления нового пути (рис. S11). Наша структура предполагает существование наследственной неразборчивой NtrBC-подобной TCS, которая ощущала спектр карбоновых кислот и координировала метаболизм.У предкового штамма альфапротеобактерий дуплицированный CarR подвергся замене домена, что привело к переключению TED и перестройке его цис-регуляции. Замена доменов привела к созданию функционально расходящихся паралогов неразборчивых систем восприятия карбоновых кислот, которые не могли совместно использовать пространство последовательностей (рис. 1с). Таким образом, эти системы привели к видообразованию, что привело к современным потомкам, наблюдаемым в этом исследовании (рис. 1c, d).

    Примечательно, что замена домена может изменить зависимость сигма-фактора.Из-за изменения зависимости от сигма-фактора паралог CarSR с заменой домена функционально отличался от своего родителя. NtrC-подобные RR требуют факторов транскрипции sigma54 для активации генов в своих регулонах, тогда как NarL-подобные RR взаимодействуют с sigma70 (Mejía-Almonte et al. 2020). Клеточные уровни малых нуклеотидов (p)ppGpp в сочетании с белком DksA регулируют предпочтение РНК-полимеразы (РНКП) сигма70 (семейство внецитоплазматических функций) (Casas-Pastor et al. 2021) или сигма54 (Dalebroux and Swanson 2012; Ronneau and Халлез 2019).Хотя условия окружающей среды, необходимые псевдомонадам для достижения соответствующих уровней (p)ppGpp и DksA для оккупации РНКП сигма54, неизвестны (Potvin et al. 2008), можно предположить, что переключение зависит от образа жизни. CarSR — это системы, реагирующие на метаболиты, и они могут играть важную роль в выживании и физической форме. Мы предполагаем, что способность потреблять карбоновые кислоты без нормативных ограничений, продиктованных зависимостью от сигма-фактора, могла дать предковому штамму преимущество в приспособленности.Мы предполагаем, что это важное функциональное различие было основной движущей силой для поддержания нового пути и расширения пространства последовательностей.

    В нашем исследовании также рассматривается основное узкое место в изучении бактериальных двухкомпонентных систем, отношения и связи между функционально аннотированными и неаннотированными бактериальными сигнальными системами. Мы используем замену домена CarSR, обнаруженную и функционально аннотированную в этом исследовании, чтобы продемонстрировать, что комплексная эволюционная модель может быть использована для сопряжения двухкомпонентных систем с замененными доменами или осиротевших систем с их ближайшими родственниками в пространстве последовательностей.Мы показываем, что можем использовать эволюционную информацию для получения функциональных гипотез и использовать эту информацию для определения химического пространства (Coley 2021) для анализов функциональной характеристики. С нашим целостным взглядом на TCS мы продемонстрировали, что эволюция и функция связаны. Охарактеризовав аномалии в кластеризации TCS, мы смогли предоставить эмпирические доказательства (i) перестройки транскрипции путем замены домена (ii) сохранения обнаружения восходящего сигнала после дублирования и расхождения совместно эволюционирующих частей.С экспериментальной характеристикой CarSR мы смогли выделить, как специфичность лиганда является функцией сохранения нижестоящих генов, а не самих сигнальных модулей. Характеристика с использованием коэволюционных гипотез может быть ключом к различению многих до сих пор неизвестных функций TCS.

    Методы

    Филогенетический анализ деревьев REC и DHp-CA

    Pseudomonas RR и HK были идентифицированы с помощью hmmsearch из HMMER v3.1b2 (Mistry et al.2013) для поиска всех белков с доменами Response_reg (PF00072) и HisKA (PF00512). Hmmsearch использовали для запроса доменной архитектуры сигнальных белков и отбирали RR с доменами HTH_8, Trans_reg_C, AAA + , GerE, HTH_18 (AraC). В качестве альтернативы мы извлекли разнообразный набор геномов из заданных родов, типов или царств (внешние базы данных 1, 3, 5), найденные в базе данных Microbial Signal Transduction (MISTDB-API) (Гумеров и др., 2020). Мы снова использовали MISTDB-API для извлечения аминокислотных последовательностей HK, RR и соответствующих архитектур доменов (внешние базы данных 2, 4, 6).Последовательности с большей гомологией >90 или >95%, идентифицированные веб-сервером CD-HIT (Huang et al. 2010), были удалены из дальнейшего анализа. Последовательности доменов DHp-CA были извлечены из целых последовательностей на основе координат, определенных с помощью поиска hmm. Эти домены были выровнены с использованием алгоритма MAFFT-LINSI из MAFFT v7.310 (Katoh and Standley 2013). Домены REC были выровнены с помощью Hmmalign от HMMER v3.1b2 (Mistry et al. 2013) до Response_reg.hmm (PF00072). Филогенетические деревья были построены с использованием FastTree 2 (Price et al.2010) с параметрами, псевдо, lg. Деревья были визуализированы и аннотированы с помощью ETE3 на основе Python (Huerta-Cepas et al. 2016).

    Двумерная визуализация белковых последовательностей

    Множественные выравнивания последовательностей, приведенные выше, были закодированы в представление дискретного вариабельного вектора (Jing et al. 2020). Этот процесс выполняется для каждой последовательности путем кодирования каждой аминокислоты в 21-мерный нулевой вектор (одно измерение для каждой возможной аминокислоты и пробел), за исключением индекса, представляющего аминокислоту, который устанавливается равным единице. Каждая матрица размерности Lx21, где L представляет собой длину выровненной белковой последовательности, сглаживается до вектора длиной Lx21. Каждый вектор, представляющий выравнивание одной белковой последовательности, укладывается в матрицу Nx(Lx21) и размерность уменьшается до размеров Nx500 с помощью анализа основных компонентов, а затем уменьшается до размеров Nx2 с использованием алгоритма t-распределенного стохастического встраивания соседей (ван дер Маатен и Хинтон). 2008) с параметрами n_components=2, verbose=0, n_iter=1000. Озадаченность определяли как функцию количества визуализируемых штаммов.

    Автоматическая аффинная очистка ДНК — последовательность

    Подготовка ДНК для NGS

    Изоляты Pseudomonas культивировали либо в LB, либо в минимальной среде (см. Таблицу S3 для получения информации о рецептах минимальной среды для конкретного штамма). Геномную ДНК очищали с помощью набора для подготовки генома promega wizard (Promega, Madison, WI). ДНК разрезали с помощью covaris miniTUBE (Covaris, Woburn, MA) до среднего размера 200 п. н. Качество ДНК подтверждали с помощью высокочувствительного ДНК-набора Bioanalyzer (Agilent, Санта-Клара).Затем срезанную ДНК лигировали с помощью адаптера (AL) с помощью набора для подготовки библиотеки NEBnext Ultra ii (New England Biolabs, Ипсвич, Массачусетс). Качество AL-ДНК было снова подтверждено набором высокочувствительной ДНК Bioanalyzer (Agilent, Санта-Клара). AL-ДНК хранили при -20 ° C до тех пор, пока она не потребуется для дальнейшего использования.

    Дизайн экспрессионного штамма

    Экспрессионные векторы pet28 с N-концевыми 6x-His-мечеными RR клонировали с помощью сборки Gibson (Gibson et al. 2009). Дизайну плазмиды способствовал дизайн сборки ДНК j5 (Hillson et al.2012), см. Таблицу S4 для праймеров.

    Автоматическая аффинная очистка ДНК

    Четырехкратные повторения экспрессионных штаммов выращивали в среде для автоиндукции (Zyp-5052 (Studier 2005)) при 37 °C, 250 об/мин, в течение 5–6 часов, а затем переносили для выращивания при 17 °C, 250 об/мин, ночь. Осадки клеток собирали и лизировали при 37°C в течение 1 часа в лизирующем буфере (1X TBS, 100 мкМ PMSF (Millipore Sigma, Burlington MA), 2,5 ед./мл бензоназной нуклеазы (Millipore Sigma, Burlington MA), 1 мг/мл). Лизоцим (Millipore Sigma, Burlington MA)).Затем лизированные клетки очищали центрифугированием при 3214×g и дополнительно фильтровали в 96-луночных планшетах с фильтром центрифугированием при 1800×g. Чтобы обеспечить высокую производительность обработки, этапы очистки белковой ДНК выполнялись с помощью наконечников для пипеток из смолы IMAC (PhyNexus, Сан-Хосе, Калифорния) с использованием специальной автоматизированной платформы с обработчиком жидкости Biomek FX (Beckman Coulter, Индианаполис, Индиана). Экспрессированные RR были индивидуально связаны с металл-аффинной смолой, встроенной в наконечники пипеток из смолы IMAC, и промыты в промывочном буфере (1X TBS, 10 мМ имидазол, 0.1% твин 20). Связанные с шариками RR затем смешивали с 60 мкл буфера для связывания ДНК (1X TBS, 10 мМ хлорида магния, 0,4 нг/мкл AL-ДНК, с 50 мМ ацетилфосфатом или без него (разделить на дубликаты)). Затем белок, связанный с ДНК-мишенью, обогащали в буфере для обогащения (1X TBS, 10 мМ имидазол, 0,1% Tween 20) и элюировали в буфере для элюции (1X TBS, 180 мМ имидазол). Элюцию хранили при температуре -20 ° C в течение как минимум одного дня и до недели, прежде чем приступить к созданию библиотеки NGS.Подробный протокол см. в дополнительных методах.

    NGS Library Generation

    3,2 мкл элюата с предыдущего шага добавляли к 3,5 мкл SYBR green ssoAdvanced (Biorad, Hercules, CA) и 0,15 мкл каждого праймера NGS с двойным индексом. Библиотеки NGS были подготовлены в соответствии с протоколами флуоресцентной амплификации библиотек NGS (Chiniquy et al. 2020). Объединенные библиотеки секвенировали с помощью Illumina NovaSeq 6000 SP (100 циклов) (Illumina, Сан-Диего, Калифорния).

    Анализ данных DAP-seq

    Последовательные считывания обрабатывались вычислительным конвейером анализа DAP-seq следующим образом.Адаптеры и некачественные основания были обрезаны, а чтения короче 30 п. н. отфильтрованы с использованием Trimmomatic v.0.36 (Bolger et al. 2014). Полученные чтения были проверены на загрязнение с помощью FOCUS (Silva et al. 2014). Затем чтения были сопоставлены с соответствующими Pseudomonas spp. геном с использованием Bowtie v1.1.2 (Langmead et al. 2009) с параметром -m 1 (отчет читается только с одиночным выравниванием). Полученные файлы SAM были преобразованы в формат BAM и отсортированы с помощью samtools v 0.1.19 (Li et al.2009). Пиковый вызов был выполнен с использованием SPP 1.16.0 (Харченко и др., 2008) с порогом частоты ложных обнаружений 0,01 и порогом коэффициента обогащения MLE 4,0. Обогащенные мотивы были обнаружены во фрагментах генома, соответствующих пикам, с использованием MEME (Bailey et al. 2009) с параметрами -mod anr -minw 12 -maxw 30 -revcomp -pal -nmotifs 1. Доступен исходный код пайплайна анализа DAP-seq. на https://github.com/novichkov-lab/dap-seq-utils.

    Для консервативных RR с небольшим количеством высокодостоверных пиков (1–2 на геном) мотивы связывания были предсказаны вручную с помощью сравнительного геномного подхода. Ортологичные RR были идентифицированы с помощью OrthoFinder2 (Emms and Kelly 2019). Для каждого из ортологичных RR для поиска мотива был выбран один фрагмент генома, соответствующий пику с наибольшим значением обогащения. Консервативные мотивы были обнаружены с помощью инструмента SignalX из пакета GenomeExplorer (Миронов и др., 2000) с опцией «инвертированный повтор».

    Fitness Experiments

    Как описано в предыдущих отчетах (Thompson et al. 2019), библиотеку P. putida KT2440 RB-TnSeq, JBEI-1, разморозили, инокулировали в 25 мл среды LB с добавлением канамицина и вырос до OD 600 из 0.5. После этого шага были взяты три образца по 1 мл, которые служили записями количества штрих-кодов. Затем библиотеку промывали центрифугированием и ресуспендировали в равном объеме минимальной среды MOPS. Промытые клетки затем разводили 1:50 в минимальной среде MOPS с 10 мМ L-глутамата, служащего единственным источником углерода. Библиотеку культивировали в 96-луночном глубоколуночном планшете, закрытом газопроницаемой мембраной (VWR, США). Планшет встряхивали (700 об/мин) в INFORS HT Multitron (Infors USA Inc.) при 30°С в течение 24 часов. Затем дубликаты образцов объемом 600 мкл были объединены, и был проведен анализ BarSeq, как описано ранее (Wetmore et al. 2015; Rand et al. 2017; Incha et al. 2020). Данные о пригодности одного источника углерода доступны по адресу http://fit.genomics.lbl.gov (Thompson et al. 2020).

    Ковариационный анализ

    Родственные RR и HK из штаммов Pseudomonas и E. coli идентифицировали как пары, если они были обнаружены рядом друг с другом в соответствующих геномах.Границы доменов DHp (HisKA), CA (HATPase_C) и REC (Response_reg) определяли с помощью hmmsearch из HMMER v3.1b2 (Mistry et al. 2013). Файлы Fasta конкатенированных доменов DHp-CA-REC из родственных и рандомизированных пар HK-RR были выровнены с помощью алгоритма MAFFT-LINSI из MAFFT v7.310 (Katoh and Standley 2013). Затем файлы выравнивания были запрошены для совместной эволюции с пакетом ProDy Evol (Bakan et al. 2011; Bakan et al. 2014) в Python и были нанесены на тепловую карту. Остатки с наивысшей оценкой > 1.1, использовались для информирования гипотез о штаммах с переключением специфичности.

    Генерация репортерного штамма GFP и анализы

    Генерация нокаутного штамма

    Гомологические фрагменты длиной 1000 п.н. выше и ниже целевого гена были клонированы в плазмиду pKS18. Затем плазмиды трансформировали в штамм E.coli S17, а затем путем конъюгации спаривали с штаммом P.putida . Трансконъюганты отбирали на чашках с агаром LB с добавлением 30 мг/мл канамицина и 30 мг/мл хлорамфеникола.Затем трансконъюганты выращивали в течение ночи на среде LB, а затем высевали на агар LB без NaCl, который был дополнен 10% (вес/объем) сахарозы. Предполагаемые делеции подвергали скринингу на агаре LB без NaCl с добавлением 10% (вес/объем) сахарозы и чашке с агаром LB с канамицином. Колонии, которые росли в присутствии сахарозы, но не обладали устойчивостью к канамицину, дополнительно тестировали с помощью ПЦР с праймерами, фланкирующими целевой ген, для подтверждения делеции гена.

    Репортерные штаммы GFP

    Границы промотора для p2453, p1400, p3553 были выбраны как область непосредственно перед стартовым кодоном гена до стартового или стоп-кодона следующего ближайшего гена.Промоторы были клонированы выше гена, кодирующего sfGFP, на плазмиде широкого круга хозяев с происхождением BBR1 и устойчивостью к канамицину с клонированием Гибсона (Gibson et al. 2009). Праймеры в таблице S4. Плазмиды трансформировали в мутантные штаммы P.putida KT2440 или P.putida KT2440 электропорацией. Три биологических повтора каждого штамма культивировали в LB и хранили с 25% (об./об.) глицерина при -80°C. Комплементационные плазмиды (репортерные плазмиды GFP с полноразмерным RR, управляемым промотором pBAD и конститутивно экспрессирующимся AraC) были комбинаторно созданы с использованием клонирования Golden Gate (Engler et al.2008) и дизайн сборки ДНК j5 (Hillson et al. 2012) (diva.jbei.org), праймеры в таблице S4. Плазмиды трансформировали в штаммы с нокаутом гена P. putida KT2440 с помощью электропорации. 3-6 биологических повторов каждого штамма культивировали в LB и хранили с 25% (об./об.) глицерина при -80°С.

    RR с переключенной специфичностью

    Генные блоки (TWIST Biosciences, Сан-Франциско, Калифорния) доменов REC (таблица S3) с ковариантными мутациями (показатель ковариации > 1,1) были клонированы в комплементарные плазмиды со сборкой Гибсона (Gibson и другие.2009). Плазмиды трансформировали в штаммы P.putida KT2440 или нокаутные штаммы P.putida KT2440 с помощью электропорации. Шесть биологических повторов каждого штамма культивировали в LB и хранили с 25% (об./об.) глицерина при -80°C.

    Репортерные анализы GFP

    Репортерные штаммы были адаптированы к минимальной среде M9 (MM) (см. дополнительные методы для рецептов минимальных сред для конкретных штаммов) с добавлением 0,5% (вес/объем) глюкозы в качестве единственного источника углерода в течение 3 ночных пассажей, и хранят в ММ при -80 °С в 25 % (об. /об.) глицерине.Адаптированные штаммы культивировали в ММ + 0,5 % (масса/объем) глюкозы и пассировали на ММ + 0,5 % (масса/объем) глюкозы со вторым источником углерода или без него (40 мМ глутаминовой кислоты, 40 мМ α-кетоглутаровой кислоты или 20 мМ масляной кислоты, если не указано иное). После 24-часового роста образцы разводили 1:100 в 1X PBS и измеряли флуоресценцию с помощью проточной цитометрии на BD Accuri C6 (BD Biosciences, Сан-Хосе, Калифорния). Автофлуоресценцию гасили с помощью FlowJo (BD Biosciences, Сан-Хосе, Калифорния) с использованием нефлуоресцентного штамма P.putida KT2440 с пустым вектором для справки (рис. S12). Чтобы удалить шум, среднее значение GFP для выборок с менее чем 150 событиями после стробирования было установлено равным 0 (рис. S13). В противном случае сообщалось среднее GFP оставшихся событий после гейтирования. Статистическую значимость определяли с помощью t-критерия между повторами.

    Филогения гомологов CarSR

    Гомологи P. putida KT2440 CarS II, IV, CarR II и IV были идентифицированы с помощью BLASTP на базе Интернета (Johnson et al.2008), исключая неповторяющиеся белки RefSeq с максимальным количеством последовательностей-мишеней 5000 и гомологией >30%. Чтобы удалить неродственные TCS, последовательности были дополнительно сокращены, включая гомологи в пределах 40-50% гомологии. Отсечение было определено на основе филогенетического расстояния от Pseudomonas ; более тесно связаны с более высоким порогом отсечения и более отдаленно связаны с более низким порогом отсечения. Последовательности с большей гомологией >90 или >95%, идентифицированные веб-сервером CD-HIT (Huang et al. 2010), были удалены из дальнейшего анализа.В нескольких гомологах CarS случайные N-концевые удлинения перед консервативным стартовым кодоном метионина были обрезаны и исключены из последующих выравниваний. Последовательности были выровнены с помощью алгоритма MAFFT из MAFFT v7.310 (Katoh and Standley 2013) с использованием параметров —maxiterate 16 и —localpair. Филогенетическое дерево было реконструировано из множественного выравнивания с использованием метода максимального правдоподобия, реализованного в программном обеспечении FastTree v2.1.10 (Price et al. 2010).

    Файлы, содержащие гомологи CarR II и IV или CarS II и IV, были объединены и выровнены с помощью Hmmalign из HMMER v3.1b2 (Mistry et al. 2013), CarR с Response_reg.hmm (PF00072) и CarS с HisKA.hmm (PF00512) или HATPase_c.hmm (PF02518). Выровненные последовательности CarS затем конкатенировали, в результате чего были получены выравнивания, содержащие как домены HisKA, так и домены HAPTase_c. Филогенетические деревья были построены с использованием FastTree 2 (Price et al. 2010) с параметрами псевдо, lg.

    Гомологи CarS с доменами dCache_1 и PAS

    Мы идентифицировали 56 HK с предсказанной архитектурой домена, dCache_1-PAS-DHp-CA, в базе данных pfam (Mistry et al.2021). 56 HK были опрошены с помощью BLASTp (Altschul et al. 1990) относительно домена DHp-CA либо CarS II, либо CarS IV. Подмножество из 56 HK было выбрано из-за их диапазона процентной идентичности CarS II и CarS IV. Домены DHp-CA из этого подмножества, CarS II, CarS IV и другие неродственные HK, принадлежащие другим семействам TCS, были сопоставлены с алгоритмом MAFFT из MAFFT v7.310 (Katoh and Standley 2013). Чтобы представить кластеризацию разнообразного набора HK, филогенетические деревья были построены с использованием FastTree 2 (Price et al.2010).

    Источник финансирования

    Эта работа была частью ENIGMA-Ecosystems and Networks Integrated with Genes and Molecular Assemblies (http://enigma.lbl.gov), научной программы Национальной лаборатории Лоуренса в Беркли (LBNL) и при поддержке Министерства энергетики США, Управления науки, Управления биологических и экологических исследований в соответствии с номером контракта DE-AC02-05Ch21231 между LBNL и Министерством энергетики США. А.А.Н. был поддержан стипендией Национального научного фонда для аспирантов, ID 2018253421.Спонсоры не участвовали в разработке исследования, сборе и интерпретации данных или в принятии решения о представлении работы для публикации. Правительство Соединенных Штатов сохраняет за собой, а издатель, принимая статью к публикации, признает, что Правительство Соединенных Штатов сохраняет за собой неисключительную, оплаченную, безотзывную всемирную лицензию на публикацию или воспроизведение опубликованной формы этой рукописи, или позволять другим делать это для целей правительства Соединенных Штатов.

    Вклад авторов

    М.Э.Г., А.Е.К., А.А.Н. и Х.З. выполнен филогенетический и компьютерный анализы; МЭГ. и Л.Р. спроектировали и построили экспрессионные штаммы для DAP-seq; МЭГ. разработал и провел автоматизированный конвейер для экспериментов DAP-seq; А.Е.К. анализировали данные DAP-seq; МРТ выполнен анализ пригодности одного источника углерода; МЭГ. провел ковариационный анализ; МЭГ. и В.Ф. провели и проанализировали in vivo репортерных экспериментов GFP; МЭГ. и А.М. разработал эксперименты и составил первоначальные проекты.J.D.K предоставил поддержку и ресурсы. ЯВЛЯЮСЬ. предоставлены ресурсы контроля и поддержки. Все авторы рассмотрели и отредактировали окончательный вариант.

    Конкурирующие интересы

    J.D.K. имеет финансовые интересы в Amyris, Lygos, Demetrix, Napigen и Maple Bio.

    Доступность данных и материалов

    Благодарности

    Мы хотели бы поблагодарить следующих лиц за их вклад в этот объем работы за ценные комментарии к рукописи, Адам П. Аркин; помощь с лабораторными заданиями, Эндрю Лау, Джули Лейк, Родриго Фрогесо и Джойс Лук; предоставление ценной информации посредством обсуждения эволюции, приспособленности и регуляции бактериальной транскрипции, Анкита Котари, Пабло Крус-Моралес, Митчелл Г.Томсон; предоставление экспертных знаний для разработки методов высокопроизводительного клонирования, очистки белков и NGS, Нургуль Каплан, Дженнифер Чиники, Джоэл М. Гюнтер и Бретт Гарабедян; или предоставление нам возможностей для проведения высокопроизводительных анализов пригодности, Mitchell G. Thompson, Morgan Price, Adam Deutschbauer.

    Конфигурации точек в геометрии, физике и информатике

    Доклады будут представлены виртуально или лично, как указано в расписании ниже.

  • Луис Даниэль Абреу

    Австрийская академия наук

    25 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Картик Адхикари

    Индийский статистический институт

    25 февраля — 17 марта 2018 г.

  • Эндрю Ан

    Массачусетский технологический институт

    28 февраля — 1 марта 2018 г.

  • Ганеш Аджанагадде

    Массачусетский технологический институт

    26 февраля — 2 марта 2018 г.; 9-13 апреля 2018 г.

  • Навид Аламати

    Мичиганский университет

    22-27 апреля 2018 г.

  • Ян Алеви

    Университет Брауна

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Михал Анджейчак

    Военно-технический университет

    23-27 апреля 2018 г.

  • Трэвис Асхэм

    Вашингтонский университет

    11-17 марта 2018 г.

  • Кристин Бачок

    Университет Бордо

    1 февраля — 30 апреля 2018 г.

  • Эйити Баннай

    Университет Кюсю

    8-28 апреля 2018 г.

  • Эцуко Баннаи

    Университет Кюсю

    8-27 апреля 2018 г.

  • Алекс Барнетт

    Институт Флэтайрон

    11-17 марта 2018 г.

  • Ева Байер

    EPFL Лозанна, Швейцария

    5 марта — 30 апреля 2018 г.; 22-28 апреля 2018 г.

  • Карлос Бельтран

    Университет Кантабрии (Испания)

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Джерард Бен Ароус

    Нью-Йорк

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Марио Бенкомо

    Университет Райса

    27 августа 2017 г. — 9 июня 2018 г.

  • Лоран Бетермен

    Университет Копенгагена

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Дмитрий Билык

    Университет Миннесоты

    10 февраля — 25 апреля 2018 г.

  • Джордж Бирос

    ИКЕС

    11-17 марта 2018 г.

  • Сергей Бородачев

    Университет Таусона

    1 февраля — 30 апреля 2018 г.; 25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Алексей Бородин

    Массачусетский технологический институт

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Поль Бургад

    Нью-Йорк

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Петр Бойваленков

    Институт математики и информатики Болгарской академии наук

    22 февраля — 23 марта 2018 г.

  • Иоганн Браухарт

    Технический университет Граца

    5 февраля — 17 марта 2018 г.

  • Джеймс Бремер

    Калифорнийский университет, Дэвис

    11-17 марта 2018 г.

  • Рафаэль Бутез

    Университет Париж-Дофин

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Джалил Чафаи

    Университет Париж-Дофин

    25 февраля — 10 марта 2018 г.

  • Вай Киу Чан

    Уэслианский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Патрик Шарбонно

    Университет Дьюка

    8-14 апреля 2018 г.

  • Янлай Чен

    Массачусетский университет, Дартмут

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Сюэмэй Чен

    Университет Сан-Франциско

    11-17 марта 2018 г.

  • Мин Хён Чо

    Массачусетский университет Лоуэлл

    11-17 марта 2018 г.

  • Джи Хун Чун

    Университет Индианы Блумингтон

    8-14 апреля 2018 г.

  • Себастьян Чоаба

    Университет Делавэра

    8-14 апреля 2018 г.

  • Генри Кон

    Microsoft Research Новая Англия

    1 февраля – 4 мая 2018 г.; 8-14 апреля 2018 г.; 22-28 апреля 2018 г.

  • Рено Куланжон

    Университет Бордо

    1-28 апреля 2018 г.

  • Хуан Криадо дель Рей

    Университет Кантабрии

    4 февраля — 28 апреля 2018 г.

  • Даниэль Дадуш

    Центр Висканде и Информатика

    24-28 апреля 2018 г.

  • Стив Дэмелин

    Американское математическое общество

    11-17 марта 2018 г.; 8-14 апреля 2018 г.

  • Мэтью де Курси-Ирландия

    Принстонский университет

    25 февраля — 28 апреля 2018 г.

  • Давид де Лаат

    ICERM/MIT

    29 января – 1 июня 2018 г.

  • Габриэль Де Мишели

    Университет Пенсильвании

    22-28 апреля 2018 г.

  • Фернандо де Оливейра Филью

    Технический университет Делфта

    6-15 апреля 2018 г.

  • Маржолейн Дейкстра

    Утрехтский университет

    8-14 апреля 2018 г.

  • Мария Достерт

    ICERM/EPFL

    1 февраля – 31 мая 2018 г.

  • Петр Драгнев

    Университет Пердью, Форт-Уэйн,

    22 февраля — 23 марта 2018 г.; 8-28 апреля 2018 г.

  • Лео Дукас

    Центр Висканде и Информатика

    22-28 апреля 2018 г.

  • Иоана Думитриу

    Вашингтонский университет

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Зунг Дуонг

    Университет Кюсю

    22-28 апреля 2018 г.

  • Матьё Дютур Сикирик

    Институт Руджера Босковича

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Алан Эдельман

    Массачусетский технологический институт

    1 марта 2018 г.

  • Ухуэ Этайо

    Университет Кантабрии

    31 января — 30 апреля 2018 г.

  • Ахрам Фейгенбаум

    Университет Вандербильта

    1 февраля – 5 мая 2018 г.

  • Дамир Феризович

    Технологический университет Граца

    18 февраля — 4 марта 2018 г.

  • Наташа Флаер

    НКАР

    11-17 марта 2018 г.

  • Ленни Фукшанский

    Колледж Клермонт Маккенна

    22-28 апреля 2018 г.

  • Алексис Гаал

    Нью-Йорк

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Венката Гандикота

    Университет Джона Хопкинса

    22-28 апреля 2018 г.

  • Алексей Гарбер

    Техасский университет, долина Рио-Гранде

    9-14 апреля 2018 г.; 22-28 апреля 2018 г.

  • Аугусто Геролин

    Университет Ювяскюля

    25 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Субхрошекар Гош

    Национальный университет Сингапура

    25 февраля — 3 марта 2018 г.; 8-14 апреля 2018 г.

  • Адрианна Гиллман

    Университет Райса

    5-17 марта 2018 г.

  • Алексей Глазырин

    Техасский университет, долина Рио-Гранде,

    31 января – 5 мая 2018 г.

  • Вадим Горин

    Массачусетский технологический институт

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Питер Грабнер

    Технический университет Граца

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Чарльз Гровер

    Имперский колледж Лондона

    22-28 апреля 2018 г.

  • Алиса Гионнет

    ENS де Лион

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Анна Хенш

    Институт математики им. Макса Планка

    22-28 апреля 2018 г.

  • Дуг Хардин

    Университет Вандербильта

    31 января – 5 мая 2018 г.

  • Джордж Хаузер

    Университет Рутгерса

    23-27 апреля 2018 г.

  • Тереза ​​Хед-Гордон

    Калифорнийский университет в Беркли

    11-17 марта 2018 г.

  • Надя Хенингер

    Университет Пенсильвании

    22-28 апреля 2018 г.

  • Альфа Херюдоно

    Массачусетский университет, Дартмут

    11-17 марта 2018 г.

  • Джеффри Хоффштейн

    Университет Брауна

    27 апреля 2018 г.

  • Дайан Холкомб

    КТХ Стокгольм

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Александра Горубала

    Варшавский технологический университет

    23-27 апреля 2018 г.

  • Цзинфан Хуан

    УНК

    11-17 марта 2018 г.

  • Дэвид Хён

    Сеульский национальный университет

    12-16 марта 2018 г.

  • Алексей Иосевич

    Университет Рочестера

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Сорин Истраил

    Университет Брауна

    9 апреля 2018 г.

  • Дэвид Джозеф

    Имперский колледж Лондона

    22-28 апреля 2018 г.

  • Рэндалл Камьен

    Университет Пенсильвании

    8-14 апреля 2018 г.

  • Рут Келлерхалс

    Университет Фрибурга

    22-28 апреля 2018 г.

  • Ричард Кеньон

    Университет Брауна

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Джэук Ким

    Принстонский университет

    8-14 апреля 2018 г.

  • Соён Ким

    Университет Брауна

    25-26 апреля 2018 г.

  • Михалис Колоунзакис

    Университет Крита

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Александр Колпаков

    Невшательский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Роберт Красный

    Мичиганский университет

    11-17 марта 2018 г.

  • Арно Куйлаарс

    КУ Левен

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Абхинав Кумар

    Университет Стони Брук

    22-28 апреля 2018 г.

  • Бидиша Кунду

    ИНДИЙСКИЙ ИНСТИТУТ НАУКИ

    11-17 марта 2018 г.

  • Воден Куснер

    Университет Вандербильта

    26 февраля — 11 марта 2018 г.; 8-14 апреля 2018 г.

  • Роб Каснер

    Массачусетский университет, Амхерст

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Бертран Лакруа-А-Шез-Туан

    Université Paris-Sud, Орсе, Франция

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Вай Юнг Лам

    Университет Брауна

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Томас Лебле

    Институт математических наук Куранта

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Тим Венг Ли

    Университет Осаки

    22-27 апреля 2018 г.

  • Алан Легг

    Университет Индианы — Университет Пердью, Форт-Уэйн,

    25 февраля — 3 марта 2018 г.; 8-14 апреля 2018 г.

  • Хендрик Ленстра

    Лейденский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Норман Левенберг

    Университет Индианы

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Синь Ли

    Университет Центральной Флориды

    11-25 марта 2018 г.

  • Чжунъян Ли

    Университет Коннектикута

    31 января — 28 апреля 2018 г.

  • Цзин-Ребекка Ли

    INRIA-Сакле, Equipe DEFI

    11-17 марта 2018 г.

  • Тамар Лихтер

    Университет Рутгерса

    22-28 апреля 2018 г.

  • Бенжуо Лу

    Китайская академия наук

    11-17 марта 2018 г.

  • Чжэн Ма

    Принстонский университет

    8-14 апреля 2018 г.

  • Милен Майда

    Университет наук и технологий Лилля

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Сатья Маджумдар

    Университет Париж-Юг, CNRS

    8-28 апреля 2018 г.

  • Джорджио Мантика

    Университет Инсубрии

    7 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Уильям Мартин

    Вустерский политехнический институт

    12 апреля 2018 г.

  • Андрей Мартинес-Финкельштейн

    Университет Бейлора

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Пер-Гуннар Мартинссон

    Оксфордский университет

    11-17 марта 2018 г.

  • Райан Мацке

    Университет Миннесоты

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Колин МакСвигген

    Университет Брауна

    28 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Элизабет Мекес

    Дело Вестерн

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Даниэле Мичиансио

    Калифорнийский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Стивен Миллер

    Университет Рутгерса

    22-28 апреля 2018 г.

  • Филипп Мустру

    IMB, Университет Бордо

    1 февраля – 31 мая 2018 г.

  • Кирилл Муратов

    Технологический институт Нью-Джерси

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Олег Мусин

    Техасский университет, долина Рио-Гранде,

    25 февраля — 17 марта 2018 г.; 8-28 апреля 2018 г.

  • Акил Нараян

    Университет Юты

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Ирина Ненчу

    Университет Иллинойса

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Фонг Нгуен

    Токийский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Падрайг О Кэтейн

    Вустерский политехнический институт

    23-27 апреля 2018 г.

  • Майк О’Нил

    Нью-Йорк

    11-17 марта 2018 г.

  • Кристофер Пейкерт

    Мичиганский университет, Анн-Арбор

    22-28 апреля 2018 г.

  • Мирча Петраче

    Папский католический университет Чили

    25 февраля — 28 апреля 2018 г.

  • Леонид Петров

    Университет Вирджинии

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Лам Фам

    Йельский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Игорь Прицкер

    Университет штата Оклахома

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Джеймс Пропп

    Массачусетс Лоуэлл

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Манас Рач

    Йельский университет

    11-17 марта 2018 г.

  • Одед Регев

    Нью-Йоркский университет, Институт Куранта

    22-28 апреля 2018 г.

  • Александр Резников

    Университет Вандербильта (наставник: Э.Б. Сафф)

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Роман Райзер

    Университет Хайфы

    25 февраля — 17 марта 2018 г.

  • Синай Робинс

    Университет Сан-Паулу

    21-30 апреля 2018 г.

  • Ян Рольфес

    Кёльнский университет

    7-15 апреля 2018 г.

  • Симона Рота Нодари

    Университет Бургундии

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Аделина Ру-Ланглуа

    Реннский университет, CNRS, IRISA

    22-28 апреля 2018 г.

  • Мохамед Сабт

    CNRS

    23-27 апреля 2018 г.

  • Эдвард Сафф

    Университет Вандербильта

    1 февраля – 5 мая 2018 г.

  • Такаши Сакаджо

    Киотский университет

    7-14 апреля 2018 г.

  • Антонелло Скардиччио

    Международный центр теоретической физики

    31 марта — 15 апреля 2018 г.

  • Грегори Шер

    Университет Париж-Юг

    17 апреля – 1 мая 2018 г.

  • Герд Шредер-Тюрк

    Университет Мердока

    8-14 апреля 2018 г.

  • Роберт Шулер

    Университет Ростока

    3-13 апреля 2018 г.

  • Ахилл Шюрманн

    Университет Ростока

    3-28 апреля 2018 г.

  • Ричард Шварц

    Университет Брауна

    9-13 апреля 2018 г.

  • Сильвия Серфати

    Нью-Йоркский университет

    25 февраля — 3 марта 2018 г.; 12-13 апреля 2018 г.; 25 апреля 2018 г.

  • Рафаэлло Сери

    Università degli Studi dell’Insubria

    11 февраля — 20 марта 2018 г.

  • Кирилл Серх

    Нью-Йоркский университет

    11-16 марта 2018 г.

  • Лейла Сетайешгар

    Колледж Провиденс

    26 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Барак Шани

    Пенсильванский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Гильерме Сильва

    Мичиганский университет

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Элис Сильверберг

    Калифорнийский университет в Ирвине

    22-28 апреля 2018 г.

  • Ян Слоан

    Университет Нового Южного Уэльса

    25 марта – 14 апреля 2018 г.

  • Джошуа Соколар

    Университет Дьюка

    8-14 апреля 2018 г.

  • Чонмин Сон

    ГИСТ

    12-16 марта 2018 г.

  • Дэмиен Стель

    Ecole Normale Supérieure de Lyon

    22-28 апреля 2018 г.

  • Стефан Штайнербергер

    Йельский университет

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Татьяна Степанюк

    Технологический университет Граца

    25 февраля — 24 марта 2018 г.

  • Ной Стивенс-Давидовиц

    Принстонский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Кеннет Стивенсон

    Университет Теннесси

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Марк Сток

    Прикладные научные исследования, Inc.

    11-17 марта 2018 г.

  • Майя Стоянова

    Софийский университет

    22 февраля — 23 марта 2018 г.

  • Сяобай Сан

    Университет Дьюка

    11-17 марта 2018 г.

  • Роберт Тичи

    Технологический университет Граца

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Анна-Карин Торнберг

    ТЕХНИЧЕСКАЯ ТЕХНИЧЕСКАЯ КОНСТРУКЦИЯ HÖGSKOLAN

    11-17 марта 2018 г.

  • Сальваторе Торквато

    Принстонский университет

    8-14 апреля 2018 г.

  • Джордж Туркийях

    Американский университет Бейрута

    11-17 марта 2018 г.

  • Бенедек Валко

    Университет Висконсина – Мэдисон

    25 февраля — 3 марта 2018 г.

  • Фрэнк Валлентин

    Кёльнский университет

    8-14 апреля 2018 г.

  • Акшай Венкатеш

    Стэнфордский университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Кристоф Винья

    Тулейнский университет

    4 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Александр Власюк

    Университет Вандербильта

    1 февраля – 4 мая 2018 г.

  • Джон Войт

    Дартмутский колледж

    22-28 апреля 2018 г.

  • Югуан Ван

    ICERM/LTU/UNSW

    1 февраля – 1 июня 2018 г.

  • Зили Ван

    Университет Брауна

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Даниэль Вашкевич

    Варшавский технологический университет

    23-27 апреля 2018 г.

  • Роберт Уомерсли

    Университет Нового Южного Уэльса

    30 января – 6 мая 2018 г.

  • Цзыцин Сян

    Университет Джорджии

    22-28 апреля 2018 г.

  • Вэй-Сюань Юй

    ICERM

    30 сентября 2017 г. — 17 мая 2018 г.

  • Эммануил Зампетакис

    Массачусетский технологический институт

    23-27 апреля 2018 г.

  • Сюфань Чжан

    Университет Брауна

    26 февраля — 2 марта 2018 г.

  • Ябин Чжан

    Университет Райса

    11-17 марта 2018 г.

  • Дэвид Чжан

    Университет Вандербильта

    11-17 марта 2018 г.

  • Сяошэн Чжуан

    Городской университет Гонконга

    12-16 марта 2018 г.

  • Марк Циммерманн

    Технический университет Дортмунда

    8-14 апреля 2018 г.

  • Гиоргос Зирделис

    Северо-восточный университет

    22-28 апреля 2018 г.

  • Даты посещения, указанные в списке участников, могут быть предварительными и могут быть изменены без предварительного уведомления.

    Запуск волны: что будет с Волнами после продажи Востока | от LetKnowNews | LetKnowNews

    Waves — один из старейших блокчейн-стартапов из России. Проект развивает технологию Web 3.0, поддерживает собственную DEX-биржу и хранит данные более чем 700 компаний. Однако недавно корпоративное направление бизнеса было продано, и непонятно, чем компания будет заниматься дальше.

    Волны можно разделить на два направления. Первый — это публичный блокчейн, в котором работает сама платформа.Второй ориентирован в основном на работу с крупными корпорациями. Именно там Waves создал отдельный проект с закрытым блокчейном Vostok.

    Один из основателей и генеральных директоров Waves Александр Иванов в середине июля объявил о продаже своей доли в Vostok Марку Гарберу из финансовой группы GHP Group.

    Подробности сделки не разглашаются, как и подробности дальнейших планов Иванова и Гарбера. Сам Иванов утверждает, что намерен сосредоточить свое внимание на развитии блокчейн-платформы Waves, которая под его руководством стала одним из самых успешных российских криптостартапов.

    Гарбер также обещает, что команда разработчиков Waves продолжит работу над проектом и внедрит блокчейн в GHP Group.

    «Технологии распределенного реестра — невероятно многообещающий рынок. Восток — один из лидеров российского рынка с огромным потенциалом в мировом масштабе. Успехи проекта «Восток» помогут проектам GHP Group выйти на новый уровень технологического развития. Группа продолжит строить проект, сохранив текущую команду менеджеров и разработчиков, компетентность которых подтверждена участием в разработке дорожной карты технологии распределенного реестра», — говорит Марк Гарбер.

    Действительно, Волнам и Востоку есть чем похвастаться. Проектам удалось привлечь сотни миллионов долларов на разработку, договориться о сотрудничестве с такими гигантами, как Ростех, и даже создать собственную децентрализованную криптобиржу. И все это в непростых условиях российского рынка, переживающего сейчас далеко не лучшие времена.

    Восток, волны и сотни миллионов долларов

    Проект «Волны» стартовал в 2016 году.Затем компания провела ICO и сумела привлечь более 16 миллионов долларов. Сразу после этого стартап начал разрабатывать собственную платформу для ICO. В то же время Волны начали работать над другими проектами.

    В частности, Waves создала собственную биржу криптовалют. Более того, маркетплейс был построен на лучших принципах блокчейна — децентрализации.

    Также проект работал над разработкой и внедрением блокчейн-решений для бизнеса и государственных проектов.А к двухлетнему юбилею Waves Иванов объявил о запуске компании «Восток», целью которой является создание блокчейн-платформы для «реализации крупных бизнес-проектов и государственных учреждений».

    У «Востока» была совсем другая бизнес-модель. Waves — открытый блокчейн, а Vostok — наоборот, приватный, т. е. закрытый.

    Более того, «Восток» нашел партнеров еще до запуска новой платформы. Например, у проекта был договор с «Дом.РФ». Якобы новая блокчейн-платформа должна помочь организации «автоматизировать процессы в жилищной сфере.

    «Востоку» также удалось договориться с государственной компанией «Ростех» — российским конгломератом, имеющим доли в более чем 700 компаниях, включая «АвтоВАЗ», «КамАЗ» и «Калашников».

    Восток занимается разработкой блокчейн-платформы для хранения и обработки данных для Ростеха. На этот проект даже выделили 2 миллиона долларов.

    И это не самые крупные вложения в Восток. В декабре 2018 года Иванов заявил, что платформа смогла привлечь более $120 млн в ходе закрытой оферты.Тогда проект не раскрыл имена своих инвесторов, сообщив лишь, что в раунде инвестирования участвовала группа из 15 вкладчиков. Среди прочих якобы были представители Европы, Китая, Сингапура и России.

    При этом Иванов пообещал, что к полному запуску блокчейна Восток, запланированному на 2019 год, проект привлечет дополнительно $600 млн. Пока неизвестно, удалось ли стартапу реализовать эти планы.

    Проект не остановился на достигнутом и продолжает привлекать новых партнеров.В феврале 2019 года «Восток» сообщил о подписании соглашения о сотрудничестве с Национальным центром информатизации Российской Федерации. Стартап взялся перевести эти организации на блокчейн.

    «Востоку» удалось заключить аналогичные договоры со Сбербанком, Трансмашхолдингом, ВЭБ.РФ и казахстанской компанией «Транстелеком».

    Уже в июне частный блокчейн «Восток» заработал на полную мощность. Вместе с запуском проект выпустил 1 миллиард внутренних токенов Vostok.Сам блокчейн работает по алгоритму Proof-of-Stake.

    После этого Иванов заявил о выводе из столицы дивизии в пользу Гарбера.

    Больше волн

    Восток действительно активно развивается в последнее время. Однако Волны не стояли на месте. Проект даже успел провести ребрендинг и полностью изменить концепцию, сумев напугать своих пользователей.

    В начале марта 2019 года перестал работать сайт Waves. Вместо всей информации на нем было только одно сообщение: «Мы начинаем все менять».Через неделю Иванов объявил, что теперь Waves будет работать над внедрением блокчейн-решений для Web 3.0.

    По этой причине проект даже решил создать новый язык программирования смарт-контрактов — Ride. Waves также заявила, что разработает платформу для голосования и токенизированную социальную сеть.

    Иванов даже заявил, что компания планирует стать чем-то вроде Google и Facebook для Интернета будущего. Иванов пообещал сконцентрироваться на этих направлениях после продажи своей доли в «Востоке».

    Что касается языка Ride, то проект ввел его в основную цепочку блоков в конце июня. И по словам разработчиков, он намного проще и эффективнее своих конкурентов в Ethereum, TRON и EOS.

    Через месяц Waves объявила о запуске еще одного продукта — Waves Enterprise. Согласно проекту, это универсальное блокчейн-решение, разработанное специально для крупного бизнеса.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.